بدأت اتفاقية الكوميسا كمنطقة تجارة تفضيلية تهدف للوصول لإقامة سوق مشتركة مروراً بمنطقة التجارة الحرة والاتحاد الجمركي بين الدول الأعضاء.

• وقعت مصر على الانضمام إلى اتفاقية السوق المشتركة للشرق والجنوب الأفريقي (الكوميسا) في 29/6/1998 وتم البدء في تطبيق الإعفاءات الجمركية على الواردات من باقي الدول الأعضاء اعتبارا من 17/2/1999 على أساس مبدأ المعاملة بالمثل للسلع التي يصاحبها شهادة المنشأ معتمدة من الجهات المعنية بكل دولة.

وقعت 9 دول من الدول الأعضاء في الكوميسا بتاريخ    31/10/2000 على اتفاقية إنشاء منطقة التجارة الحرة بينها هي: ( مصر / وكينيا / السودان / موريشيوس / زامبيا / زيمبابوي / جيبوتي / ملاوي / مدغشقر) ، وإنضمت إليهم رواندا و بوروندي فى 1/1/2004  حيث تقوم تلك الدول بمنح إعفاء تام من الرسوم الجمركية المقررة على الواردات المتبادلة بينها شريطة أن تكون تلك المنتجات مصحوبة بشهادة منشأ الكوميسا

1- تقوم مصر ، وكينيا ، والسودان ، و موريشيوس ، و زامبيا ،وزيمبابوي ، وجيبوتي ، وملاوي ، ومدغشقر و رواندا و بوروندي فيما بينها بمنح السلع والمنتجات ذات منشأ الكوميسا إعفاء تاماً من الرسوم الجمركية والرسوم و الضرائب الأخرى ذات الأثر المماثل ، وانضمت جزر القمر إلى تلك الدول في 1/1/2006 كما انضمت ليبيا في 1/6/2006 ، وانضمت سيشل إلى منطقة التجارة الحرة مع الاحتفاظ بقائمة سلع مستثناة.

2- أوغندا وإريتريا   : تطبق تخفيض بنسبة  80% على وارداتها من دول الكوميسا وتقوم مصر وفقا لمبدأ المعاملة بالمثل بفرض 80% تخفيض على وارداتها من تلك الدول.

3- أثيوبيا: تطبق تخفيضاً جمركياً بنسبة 10% من  الرسوم الجمركية المقررة على وارداتها من دول الكوميسا ، وتقوم مصر بفرض 10% تخفيض على الواردات من دولة أثيوبيا. 

4-  الكونغو الديمقراطية: لا تقوم بمنح أية  تخفيضات  جمركية ، وكذا لا تقوم دولة سوازيلاند  بتطبيق أية إعفاءات جمركية وهناك مهلة ممنوحة لها في إطار عضويتها مع الاتحاد الجمركي لدول الجنوب الأفريقي SACU.

قامت أنجولا بتعليق عضويتها في المنظمة.       

v  يبلغ تعداد سكان الدول الأعضاء في الكوميسا 400 مليون نسمة وبالتالي تمثل سوقاً رحبة ومتنفساً للعديد من المنتجات المصرية .

v   الاستفادة من الإعفاءات المتبادلة حيث أن هناك إحدى عشرة دولة قد انضمت إلى منطقة التجارة الحرة التابعة للكوميسا وتقوم تلك الدول بمنح وارداتها من الدول الأخرى إعفاء تاماً ، بالإضافة إلى قيام مصر بتطبيق مبدأ المعاملة بالمثل مع باقي الدول الأعضاء . 

v  يمكن الاستفادة من هيكل واردات الدول الأعضاء حيث تُقبل تلك الدول على استيراد العديد من السلع التي تتمتع مصر بميزة عالية في إنتاجها يأتي على رأس تلك القائمة الأرز والمواد الغذائية و الأدوات المنزلية و البصل المجفف والسيراميك و الأدوات الصحية و الأدوية ثم إطارات السيارات و منتجات الألومنيوم و الحديد والصلب و الغزل و المنسوجات و الأحذية .

يتضح من هيكل إنتاج الدول الأعضاء أنها دولاً تعتمد على تصدير خامات ومواد خام وسلع رئيسية مثل النحاس والبن والشاي والجلود الخام و الماشية اللحوم و السمسم و الذرة والتبغ وهي سلع هامة يؤثر منحها الإعفاء على رفاهية المستهلك المصري.

v  الاستفادة من المساعدات المالية التي يقدمها بنك التنمية الأفريقي وغيره من المؤسسات المالية الدولية في مجال تنمية الصادرات إلى دول إفريقيا .

v  تنص المادة 158 من اتفاقية الكوميسا على تشجيع  التعاون في مجالات الاستثمار و كما تنص المادة 164 على تحرير التجارة في الخدمات مما يتيح الفرصة لمصر لتصدير الخبرات الفنية خاصة مع تفوق مصر في مجال التجارة في الخدمات وبالأخص أعمال المقاولات. 

v    تنص الاتفاقية على إقامة نظام متقدم لتبادل المعلومات داخل الدول الأعضاء.

 هناك مكاسب أخرى ناجمة عما تضمنه الاتفاق في مجال التعاون الصناعي والزراعي وكذا  في مجال النقل والمواصلات.