كان نظام الحكم في عهد محمد علي في جوهره يقوم علي فكرة الحكم الفردي المطلق. غير أن محمد علي وضع للحكومة نظاماً انطلاقاً من فكرة الدواوين الاستشارية التي أقامتها الحملة الفرنسية و تمشياً مع أفكاره في البناء و الإصلاح.
كون محمد علي الديوان العالي و تنحصر مهامه في التداول مع أعضائه في الشئون المتعلقة بالحكومة قبل الشروع في تنفيذها، و لرئيس الديوان ، نائب محمد علي ، سلطة واسعة في كافة شئون الحكومة.
كما كون محمد علي الدواوين لكل فرع من أعمال الحكومة ، مثل ديوان الحربية ، و ديوان التجارة ، و ديوان الخارجية، و ديوان المدارس.
و نتيجة لتوسع شئون الحكومة و تعدد مهامها ، كون محمد علي المجلس العالي و الذي يماثل الآن مجلس الوزراء، و يتألف من نظام الدواووين و رؤساء المصالح ، و ضم إليه اثنان من الأعيان عن كل مديرية و اثنان لشئون الحسابات.
و في عام 1829 م أقام محمد علي مجلس المشورة ( الشوري)، و يتألف من كبار موظفي الحكومة و العلماء و الأعيان، و كان أشبه بجمعية عمومية نيابة عن الأمة و يتألف من 146 عضوا علي النحو التالي 23 من كبار الموظفين و العلماء، 24 من مأموري الأقاليم و 99 من كبار أعيان القطر، و سلطته استشارية في مسائل الإدارة و التعليم و الأشغال العمومية.
و في عام 1837 م أصدر محمد علي القانون الأساسي لتنظيم العلاقات بين الدوائر الحكومية و اختصاصاتها ، و في أواخر حكمه عام 1847 م ألف ثلاث مجالس جديدة هي المجلس المخصوص للنظر في شئون الحكومة الكبري و تشريع اللوائح و القوانين، و المجلس العمومي و الجمعية العمومية للنظر في شئون الحكومة العمومية التي تحال إلي كل منهما.
عدٌل محمد علي التقسيم الإداري لمصر فقسم مصر إلي سبع مديريات ، منها أربع في الوجه البحري و هي: البحيرة و المنوفية و الدقهلية و الشرقية ، علاوة علي محافظتي الأسكندرية ومصر ، وواحدة في مصر الوسطي و هي : بني سويف و الفيوم معاً ، و اثنتان في الصعيد و هما: المنيا و إسنا.
و قسم محمد علي كل مديرية إلي عدة مراكز ، و كل مركز إلي عدة أقسام ، و كل قسم إلي عدة نواح.
محمد علي هو أول من سمي رئيس المديرية “مديرا” و رئيس المركز “مأمورا” و رئيس القسم “ناظراً” .أما رئيس الناحية فسمي “شيخ البلد”. و أوجد لكل ناحية مستخدماً سماه “الخولي” ووظيفته مراقبة الزراعة و مسح الطين، و آخر يقال له “صراف” لجمع الأموال و توريدها للمأمور.
كان المديرون كلهم اتراكاً أو مماليك، و كان معظم المأمورون من أبناء مصر و كذلك النظار ، أما شيوخ البلد فكانوا فلاحين. و كان الخوليون و الصيارفة كلهم من المصريين الأقباط.
