هو قسم يهتم بسلامة الغذاء والكشف عن التلوث والملوثات في المنظومة البيئية ويقوم القسم بالمهام الاتية:-
1. رصد مستويات تلوث الأغذية والأعلاف المحلية والمستوردة أو المعدة للتصدير بالسموم الفطرية والسموم البحرية و المبيدات و المعادن الثقيلة.
2. تقييم مستويات الأمينات الحيوية في الأغذية والأعلاف.
3. رصد علاقة الملوثات ( السموم الفطرية - المبيدات - المعادن الثقيلة) بصحة الإنسان والحيوان وطرق السيطرة عليها والحد من خطورتها.
4. تحديد مصادر نقاط الخطر فى مصانع الأغذية لتحديد أنواع الملوثات المختلفة لإنتاج غذاء آمن (HACCP ) .
5. استنباط واستخدام المعاملات والمعالجات سواء الطبيعية أو الكيماوية أوالبيولوجية للتخلص من أو إزالة التلوث بهذه الملوثات بالاضافة إلى الـ management لملوثات الغذاء في مصانع الأغذية .
6. المساهمة في المعالجات البيئية للملوثات المختلفة وتقديم الاستشارات العلمية والفنية في مجال التلوث الغذائي للمصانع المعنية بغرض الارتقاء بمستوى جودة وسلامة المنتجات الغذائية المصرية.
7. التكامل مع البيئة لإنتاج غذاء ذو جودة عالية أمن ومتوافق مع البيئة.
8. استنباط مواد من مصادر طبيعية ( ميكروبية - بحرية - نباتية ) تعمل على منع خطورة الملوثات المختلفة سواء على صحة الإنسان أو الحيوان التكامل مع المؤسسات البيئية المختلفة بغرض الوصول الى بيئة نظيفة وصحية.
