تواجه مؤسسات المجتمع المدني تحديات متعددة ومتنوعة في أداء دورها الهام في المجتمع. فمن بين أبرز التحديات التي تواجهها هي:
<!-- التحديات الذاتية
<!--ضعف التمويل الذاتي لمؤسسات المجتمع المدني مما يدفعها إما اللجوء للتمويل الخارجي، أو القصور في أداء دورها وتحقيق أهدافها.
<!--نقص الوعي الشعبي بأهمية التطوع للخدمة العامة مما يشكل عائقا للمجتمع المدني من حيث كوادره البشرية التي يمكنها الوفاء بمتطلبات جمهوره المستهدف.
<!--تمركز نشاط المجتمع المدني في العاصمة والمناطق الحضرية وشبه غياب لتواجدها في الريف والبادية مما يبعدها عن الغالبية العظمى من جمهور المواطنين الأولى بالرعاية.
<!--ضعف القدرة على صياغة الرؤية ووضع الاستراتيجيات وبرامج العمل.
<!--غياب آليات الحكم الرشيد داخل مؤسسات المجتمع المدني، كالشفافية والمساءلة والمحاسبة، والمشاركة، وتداول السلطة.
<!--ضعف القدرة على التنسيق والتعاون وبناء التحالفات، وبالتالي عدم تمكن مؤسسات المجتمع المدني من القيام بدورها المطلوب، كشريك فاعل وقوي في عملية التنمية.
<!--عدم الاستمرارية في بناء وتنمية القدرات، الشبابية والنسوية خصوصا.
<!--وجود خلل في استثمار طاقات الشباب وعدم خلق جيل من القيادات الشبابية.
<!--وجود خلل في عدم اعتماد التخصص في مؤسسات المجتمع المدني مما يسبب ضياع الكثير من الطاقات والأموال بل وحتى عدم تحقيق النتائج المرجوة من المشاريع.
<!--تحكم العلاقات العشائرية والقبلية والدينية في العلاقات بين مؤسسات المجتمع المدني، وبالنتيجة تكون كارثة على المجتمع والدولة المدنية.
<!--عدم توفير الأموال والرعاية والدعم من الموازنة العامة للدولة لبرامج مؤسسات المجتمع المدني، وتشجيع المانحين على ذلك، وفق ضوابط مالية وعدالة في التوزيع.
<!--قلة مراكز البحوث والدراسات ومعاهد المسح الميداني والتدريب المنهجي المتواصل.
<!-- التحديات الموضوعية
<!--الإطار القانوني الذي ينظم عمل مختلف هيئات المجتمع المدني والأليات التي تضمن مشاركته الفاعلة والمؤثرة في صنع القرارات.
<!--المستويات المركزية ودور السلطات المحلية، وتعاطي السلطات المركزية والمحلية معه، بما في ذلك الشفافية في الحصول على المعلومات اللازمة والحق في الاطلاع، والقدرة على المحاسبة والمساءلة.
<!--حداثة النظام الديمقراطي، وعدم استكمال بناء المؤسسات الدستورية، وصيغة التوافقات المرحلية في النظام السياسي.
<!--وجود فجوات قانونية نتيجة التحول من النظام الدكتاتوري الشمولي إلى النظام الديمقراطي، وبطء مجلس النواب في تشريع القوانين وتعديلها وكذلك بطء المصادقة على هذه القوانين والتشريعات.
<!--عدم الاعتماد والاهتمام بمراكز البحوث والدراسات المستقبلية والاستشارية في صياغة القرارات وتحديد السياسات العامة للبلاد بالإضافة الى الجهد الحكومي الروتيني.
هذا بجانب، عدم الوصول الى قناعة بأهمية مشاركة المجتمع المدني في صناعة القرار، مما يوفر كسب التأييد الشعبي لهذه القرارات ومن ثم ممارستها على ارض الواقع، والنظر لمؤسسات المجتمع المدني على أنها بديل للسلطات التنفيذية والتشريعية وهذه نظرة خاطئة، لأن مؤسسات المجتمع المدني ليست جزء من الحكومة أو مجلس النواب ومجالس المحافظات، بل هي جزء من تكوين الدولة من خلال انتماء هذه المؤسسات للشعب وهو مصدر السلطات وبالتالي من حقه ممارسة الدور الرقابي والتنموي وان يكون له رأي على الأقل استشاري أو دور رقابي في المحافل العامة، بل حتى اعتمادها كخبراء ومستشارين غير حكوميين عند الحاجة وبدون مقابل مادي وكعمل تطوعي.
