فيما يلي بعض التحديات التي تواجه ادارة المواهب: 

1- عقليات القادة والمديرين قصيرة الأجل:

يفضل العديد من المديرين زيادة الأرباح قصيرة الأجل عن طريق صرف النظر عن الاستثمار في المواهب من خلال خفض نفقات تطوير وتنمية العاملين بدلا من التوسع في ذلك، حيث يفشل هذا الاتجاه في دمج استراتيجية المواهب ضمن الاستراتيجية العامة للمنظمة مما يؤدى الى التحول الى حلقة مفرغة نتيجة عدم وجود النمو التنظيمي للمواهب، مما يخلق ضغوطا إضافية تحول اهتمام وتفكير المسئولين إلى النظرة قصيرة المدى.

2- الخلط بين أدوار متخصصي الموارد البشرية:

فعندما لا تجعل المنظمات أولوية للمواهب فغالبا ما تقع في فخ أخر يتمثل في التركيز بشكل ضيق على أنظمة وعمليات الموارد البشرية التقليدية، بما يصرف انتباههم عن مكمن العقبات وهو رأس المال البشرى، حيث إن عادات العقل هي العوائق الحقيقية لإدارة المواهب.

3- مأزق القيادة في ردود أفعالها تجاه الافراد الموهوبين:

فغالبا ما يجد المديرين أن هناك صعوبة يتعرضون لها عند التفكير في إعطاء العاملين الموهوبين تغذية عكسية عما يدور داخل المنظمة، حيث إن إعطاء العاملين الموهوبين تغذية عكسية يتطلب بعض من الشجاعة وحسن النية كما أن فعل ذلك بالطريقة الصحيحة القائمة على اعتبار جزء من المنظمة ككل سوف يجعلهم يشعرون بالتحفيز والتطوير. ومن الجدير بالذكر أن هناك نقص في التماسك والترابط بين القيادة وادارة المواهب يجب القضاء عليه من خلال زرع جذور ادارة المواهب في إطار القرار الاستراتيجي.

4- تحديات متعلقة بعملية القياس:

إن النهج العلمي يتطلب الالتزام بالمعايير العلمية للقياس، بينما من الواضح أنه يتم تجاهل المبادئ الأساسية للقياس في نظريات ادارة المواهب، كما يبدو مألوفا أيضا تجنب تقييم خصائص القياس لممارسات الموارد البشرية.

5- عدم تشجيع قدرات الأفراد:

لعل من أخطر ما يؤدي إليه عدم الثقة بالنفس، هو منع الأفراد من السعي للتصدي للتحديات الجديدة في العمل، بل وفي بعض الأحيان عدم تقبلها. وحتى الأفراد الذين يتمتعون بقدر من الثقة بالنفس لا يعملون إلا بنسبة صغيرة من كامل جهدهم أو قدراتهم. ويجب أن يتم تشجيع العاملين على الإيمان بقدراتهم من خلال إعطائهم مهام إضافية.

إلى جانب هذه التحديات السابق ذكرها. فإن المنظمات قد تواجه عقبتان رئيستان حتى يمكنها السير قدم وتحقيق نتائج تطبيق ادارة المواهب. العقبة الاولى أن مبادرات تطبيق ادارة المواهب غالبا ما تنفذ دون خطة استراتيجية شاملة مما قد يؤدى الى العديد من الاضطرابات والاعتراضات المتكررة وغير المتوقعة أما الثانية فتتمثل في افتقاد كبار القادة للاتصال الشخصي مع المواهب.

وقد يسهل على أصحاب بعض الشركات التجارية الابتعاد عن واقع موظفيهم، والنظر إليهم بوصفهم سلعا يمكن استبدالها بسهولة، إلا أن الشركة الناجحة تنظر إلى موظفيها على أنهم أصول قيمة. والأصول إن تمت إدارتها بشكل صحيح، تعمل على خلق قيمة للشركة في المقابل. وتماما مثل براءة اختراع تكنولوجي أو علامة تجارية قوية، يعد الموظفين الموهوبين أصولا حقيقية للمؤسسة.