كشفت دراسة وثائقية في كتابات الدكتور يحيى الجمل ، نائب رئيس الوزراء المثير للجدل ، طوال العامين الأخيرين عن مفاجآت كبيرة ، لعل أبرزها ما كشفت عنه من أنه تقدم قبل حوالي العام بمذكرة إلى زكريا عزمي رئيس ديوان رئيس الجمهورية يطلب فيها من الرئيس السابق حسني مبارك أن يلغي المادة الثانية من الدستور المصري التي تنص على هوية مصر ومرجعية الشريعة الإسلامية ، كما كشفت الدراسة عن إعلان الجمل بوضوح كاف إيمانه بنظرية "وحدة الوجود" التي لا ترى فارقا بين خالق ومخلوق وأن الكل واحد وتنكر أساسيات العقيدة الإسلامية . 
وفي الدراسة التي أعدها الباحث هيثم زعفان ، 
وفي مقال نشره الجمل بتاريخ (١٦/ ٨/ ٢٠١٠)، كتب يقول : 
"تقدمت باقتراح لتعديل بعض مواد الدستور مكتوبة للأخ الدكتور زكريا عزمي بصفته أميناً عاماً لرئاسة الجمهورية، ليتكرم برفعها إلى مقام الرئيس محمد حسنى مبارك، شفاه الله وعافاه. وهناك مادتين على التحديد قد تثيران بعض الجدل ولا تحظيان بالإجماع الذي تحظى به سائر المواد الأخرى. أولى هاتين المادتين هي المادة الثانية التي كانت في البداية تنص على أن الشريعة الإسلامية «مصدر» من مصادر التشريع، ثم عدلت لتصبح «المصدر الأساسي للتشريع» هكذا على نحو القصر. وأثارت هذه المادة كثيراً من الاعتراضات الفقهية والقضائية، بل وأثارت كثيراً من الفتن والاحتقانات الطائفية. وهذا أخطر ما تصاب به مصر. أقول دائماً إن مصر لن تُكسر إلا من ناحية تصدع الوحدة الوطنية والمادة الثانية بوضعها الحالي تفتح الباب أمام البعض للدولة الدينية وتبعدنا عن الدولة المدنية وتثير أسباب الفتنة الطائفية). 

وفي إعلانه المثير عن إيمانه بنظرية وحدة الوجود التي قال أن ابن عربي كان يؤمن بها قال الجمل أنه آمن بها "وليكن ما يكون" ، ويضيف : 
(" أدين بدين الحب"، هذه قصة بداية صلتي بالشيخ العظيم محيى الدين بن عربي وإعجابي بآرائه في وحدة الوجود والتقائي معه في أن «الحب ديني وإيماني». تذكرت ابن عربي وأبياته التي طالما رددتها وشاركته الإيمان بها عن قناعة ويقين وليكن ما يكون) 

الدراسة التي أعدها الباحث "هيثم زعفان" وتنشرها المصريون في عدد اليوم ، كشفت عن حالة انجذاب صوفية غريبة للجمل تجاه البابا شنودة الثالث بابا وصلت إلى حد أنه أراد أن يقبل "يديه الكريمتين" ـ حسب نص قوله ـ إلا أن البابا رفض ذلك ، ويقول في مقاله : 
(كانت قمة الفرحة وقمة المفاجأة وقمة الغبطة عندما دخل علي ضابط بوليس كبير قائلاً: لقد أخطرنا الآن أن موكب قداسة البابا شنودة الثالث في طريقه إلى المستشفى لزيارتي. لم أصدق نفسي فأنا أعرف أن قداسته عائد لتوه من رحلة علاج في الخارج ولكن الخبر أصبح بعد ساعة حقيقة واقعة، إذ دخل علىَّ قداسته وحوله لفيف من البطاركة وعشرات العدسات وسلم علي قداسته وباركني، وحاولت أن (أقبل يديه الكريمتين) فلم يسمح لي) 
كما قال الجمل في مقال آخر أنه يضع في صالون بيته صورة منسوبة للعذراء مريم ، كتلك التي تعرض في الكنائس ، وأنه يشعر براحة ما بعدها راحة عندما ينظر إليها ، ويقول : 
(في منطقة الاستقبال في منزلي بالقاهرة وفى أبرز مكان صورة رائعة للعذراء مريم البتول ويشهد الله أنني أنظر إلى وجهها الجميل العذب الصافي فأحس براحة ليست بعدها راحة) 

وفي مقابل تلك الحالة الصوفية تجاه المظاهر الكنسية والمسيحية ، يبدي الدكتور يحيى الجمل تأففا وكراهية عميقة للمظاهر الإسلامية كافة ، بما في ذلك أصوات قراءة القرآن الكريم في المساجد والمواصلات ، كما يبدي سخريته من الآذان والمآذن ، ويقول : 
(الأصوات المنبعثة من مذياع السيارات التي تمر إلي جوارك. أغلبها يذيع القرآن بصوت مرتفع، لا يكتفي بأن يصل إلي راكبي السيارة، وإنما يملأ الدنيا حولها.. لماذا؟ هل هذا نوع من التقرب إلي الله، أم هو في الحقيقة نوع من الضوضاء التي تنفر الإنسان المتدين حقيقة من هذه الأصوات العالية التي تبدو أحياناً كثيرة منكرة؟! وتبدو هذه الأصوات منفرة، بل ومنكرة. هذه واحدة تبدو بسيطة، ولكنها في أجواء الاحتقان، قد تكون ذات دلالة. تلك المآذن التي تشرع الميكروفونات، وتوجهها إلي كل مظان الأرض، وبعضها «يصرخ» بالأذان) 
يذكر أن الرأي العام المصري ينظر بريبة واسعة تجاه الدور الذي يلعبه يحيى الجمل في مجلس الوزراء ، وأنه وراء الكثير من المشاكل الطائفية ، والقرارات التي أثارت الجدل والارتباك في الفترة الأخيرة!!