تجنبت مصر المرحلة الأولى من التصفيات، ووقعت في المرحلة الثانية في مجموعة تضم منتخبات الكونغو الديموقراطية ومالاوي وجيبوتي، وتمكنت من تصدر مجموعتها لتتأهل إلى المرحلة الثالثة من التصفيات.

وقعت مصر في مجموعة ضمت منتخبات الجزائر وزامبيا ورواندا، بدأت مصر أولى جولات المرحلة بالتعثر أمام منتخب زامبيا في القاهرة بعد التعادل بنتيجة 1-1، وخسرت اللقاء الثاني في المرحلة أمام الجزائر بنتيجة 3-1 في ستاد مصطفى تشاكر، إنتفض المنتخب المصري في الجولات الرابعة التالية وحقق أربعة إنتصارات متتالية (من دون دخول أي هدف في مرماه) على رواندا ذهاباً وإياباً بنتيجتي 3-0 و1-0، ثم حقق فوزاً خارجياً أخر أمام منتخب زامبيا في تشيلامبوي بنتيجة 1-0، وفازت على منتخب الجزائر في مباراة 14 نوفمبر 2009 بنتيجة 2-0، وبعد تعادل منتخبي مصر والجزائر في النقاط وفارق الأهداف. خاضت مصر مباراة فاصلة أمام منتخب الجزائر بأم درمان بالسودان، وخسرت مصر اللقاء بهدف ليتأهل المنتخب الجزائري لكأس العالم.