بدأ معهد بحوث البيئة نشاطه تحت مسمى الشعب فى مجال بحوث الهواء 1957 بإنشاء وحدة بحوث الطبيعة الحيوية والتى ركزت دراستها العلمية آنذاك على دراسة الجسيمات العالقة والمترسبة فى هواء القاهرة  وبعد ذالك وفى عام 1964 بعد صدور القرار الجمهوري رقم 2271  بدأت هذه الوحدة تأخذ اتجاهها فى اتجاه مجال تلوث الهواء ومنها دراسة ملوثات الهواء ببعض المناطق الصناعية مثل منطقة حلوان.   

وفى عام 1958 بدأ العمل فى وحدة تلوث المياه وكانت تتمثل الدراسة آنذاك فى توصيف الخواص البكتريولوجي والكيميائي لبعض مصادر المياه السطحية والجوفية وكذلك التوصيف الكيميائي لبعض المخلفات السائلة الناتجة من عمليات الصناعة وفى الفترة ما بين عام 1965 الي عام 1975 انضم الى الوحدة  عدد من الكوادر ليتم انشاء اول معمل فى جمهورية مصر العربية خاص بتلوث المياه وفى عام 1959 تم إنشاء وحدة طب الصناعات والتى كانت آنذاك تتبع شعبة البحوث الطبية وقد شاركت هذه الوحدة فى العديد من الابحاث منها دراسة انتشار مرض الروماتيزم بين عمال الصناعة سنة 1961 وفى عام 1965 كاد يخلو المعمل الا من طالب واحد ولكن المعمل استمر حتى يصل الى شكله الحالى.     

فى عام 1978 تم الجمع بين هذه الوحدات الثلاثه لتكون معا شعبة بحوث البيئة وقد تغير اسماء الوحدات السابقة الى الاقسام الحالية:

1- قسم بحوث تلوث المياه

2- قسم الطب البيئى والمهني (طب الصناعات سابقا)

3- قسم بحوث تلوث الهواء