ناقش المؤتمر المحاور التالية:

الأسباب الاقتصادية للإرهاب وسبل المواجهة واستراتيجية الإعلام في مواجهة ظاهرة الإرهاب كذلك الأساليب الإبداعية لمواجهة الإرهاب "إعادة توجيه للمسارات المتعارضة" وقد ناقشها الدكتور أيمن عامر، بالإضافة إلى القوة الناعمة وتأثير الثقافة والفنون في مكافحة تلك الظاهرة وضرورات الوعي بالتمييز بين الإرهاب والمقاومة والتحرير لمواجهة ظاهرة الإرهاب، كذلك دور المجتمع المدني ومكافحة الإرهاب الذي تحدث عنه الدكتور حسن سلامة.

كذلك تطرق المؤتمر إالى مفهوم الدولة في فكر وممارسات جماعات الإرهاب والاستراتيجيات الأمنية في مواجهته داخلياً، ودور المؤسسات الدينية في مواجهة الظاهرة، وقد ناقش الدكتور سعد الدين الهلالي المواجهة الدينية لظاهرة الإرهاب كما تحدث السيد يسين عن الدور المعرفي والتنويري للإعلام المصري في مواجهة الإرهاب، وتحدث المؤتمر كذلك عن ما إذا كان للجامعة دور في مواجهة ظاهرة الإرهاب، ودور الدول الكبرى وأجهزتها المخابراتية في صنع الإرهاب وتمويله، وناقش الدكتور فرج عبدالفتاح المواجهة الاقتصادية لظاهرة الإرهاب.

فضلاً عما قيل، تحدث المؤتمر عن دور مؤسسات الأمن القومي في مقاومة الإرهاب، ومدخل إلى المواجهة التعليمية لظاهرة الإرهاب وكذلك التنظيمات الجهادية الإرهابية.. التحول في الهيكل التنظيمي للجماعات الإرهابية إقليميا وآليات المواجهة باللإضافة إلى دور الدول الإقليمية في صنع وتمويل الإرهاب وأخيراً الوعي مفتاح الفرج.