يعتبر الفساد الميكروبي بالاضافه للنشاط الانزيمي المصاحب له العامل الرئيسي لفساد الاسماك والقشريات المبرده . وهناك انواع عديده من الكائنات الحيه الدقيقه تسبب فسادا للاسماك ولكن اهمها علي وجه الاطلاق البكتيريا. فهناك أعداد كبيره من البكتيريا توجد بصوره طبيعيه في طبقه المخاط السطحي وعلي الخياشيم وفي امعاء الاسماك الحيه وطبعا بعد موتها. وهذه البكتيريا لا تكون ضاره للاسماك الحيه السليمه صحيا ذات الجهاز المناعي الطبيعي الذي يمنع البكتيريا من تعدي حدود معينه , الا انه بعد موت الاسماك تبدأ البكتيريا والانزيمات التي تفرزها في غزو الانسجه بدء ا من الخياشيم ثم تتحرك في الاوعيه الدمويه او تغزو الجلد مباشره ثم من خلال الاغشيه المبطنه للتجويف المعوي وقد تدخل الي اللحم من خلال اي خدوش او جروح.

تفرز البكتيريا عصارات هاضمه وانزيمات تؤدي الي تحطيم واذابه الانسجه التي تهاجمها. وتسبب البكتيريا التي تهاجم الانسجه تغيرات في رائحه ونكهة لحم الاسماك والتي قد توصف بأنها روائح حامضيه او حشائشيه ثم تتحول هذه الروائح والنكهات بالتدريج الي نكهات مره ورائحه الكبريت وفي المراحل النهائيه للفساد تظهر رائحه الامونيا. وبالاضافه لتلك التغيرات غير الرغوبه في الرائحه والنكهة تحدث ايضا تغيرات في مظهر الاسماك وصفاتها الطبيعيه وتتحول طبقه المخاط من مظهرها الطبيعي الي مظهر عكر وبتقدم الفساد يفقد الجلد مظهره اللامع ويصبح اكثر دكاثه.

لا يبدأ الفساد البكتيري الا بعد زوال التيبس الرمي وخروج نسبه من السوائل من الالياف العضليه تنشط عليها وتنمو البكتيريا. وبذلك فان تأخر زوال التيبس الرمي يطيل من فتره حفظ الاسماك. وايضا انخفاض pH لحم الاسماك بعد الموت واستمرار انخفاضه لفتره زمنيه أطول يطيل من فتره صلاحيه الاسماك حيث ينخفض معدل النشاط البكتيري.

يحدث فساد الاسماك من سطحها الداخلي والخارجي وتعتبر الخياشيم منطقه الغزو الاولي للبكتيريا حيث تتميز بطراوتها ورطوبتها العاليه مما يمثل بيئه مثاليه لنمو البكتيريا والتي تنمو بسرعه علي تلك الخياشيم منتجه ناتجات تمثيل ذات روائح كريهه مع بدء حدوث تغير في لونها للون البني او الباهت. ومن منطقه الخياشيم تمر البكتيريا من الاوعيه الدمويه ثم تغزو اللحم الخاص بالاسماك.

تختلف انواع البكتيريا التي تسبب فسادا للاسماك باختلاف درجه حراره الاسماك بعد صيدها فعندما تخضع الاسماك لتبريد جيد البكتيريا المسببه لفسادها مثل Pseudomoms spp بصفه اساسيه ثم بكتيريا Achromobacter spp

Flavobacterium Spp اما اذا لم يتم تبريد الاسماك جيدا وتركت لفتره في جو دافئ نسبيا فان بكتيريا Bacillus spp و micrococous spp تعتبر المسببات الرئيسيه لبدء الفساد.