علم الفطريات (من اليونانية μύκης ، اي "الفطر") هي فرع من فروع علم الأحياء المعنية بدراسة الفطريات ، من حيث الخواص الوراثية والبيوكيميائية ، والتصنيف ، واستخدام الانسان باعتبارها مصدرا لبعض المركبات الطبية المفيدة medicinals (مثل البنسلين ) ، والمواد الغذائية (مثل الجعة ، والنبيذ ، والجبن ، والفطر الصالح للأكل) ، فضلا عن المخاطر التي يمكن أن تسببها ، مثل التسمم أو الإصابة المرضية للنباتات غالباً وقليلاً للإنسان.

من علم الفطريات نشأ "علم أمراض النبات  phytopathology" ، الذي يهتم بدراسة الأمراض النباتية ، وهذين التخصصين ما زالا وثيقي الصلة ، لأن الغالبية العظمى من الكائنات المسببة للأمراض النباتية هي الفطريات. 

يطلق على عالم الاحياء الذي يدرس علم الفطريات "أخصائي دراسة الفطريات mycologist".

 تاريخيا ، كان علم الفطريات فرعاً من فروع علم النبات وكان رواده  mycologists Elias Magnus Fries, Christian Hendrik Persoon, Anton de Bary and Lewis David von Schweini

اليوم ، شملت الفطريات eukaryotic  الخمائر وغيرها.

من المعروف أن الفطريات تنتج العديد من المواد السامة ، والمضادات الحيوية، وغيرها.

الفطريات هي أساسية الحياة على الأرض في أدوارها كمتكافلة ، على سبيل المثال في شكل mycorrhizae ، والأشنات ، ومع قدرتها في تحليل المركبات المعقدة  العضوية الجزيئات البيولوجية مثل lignin ، والأكثر دواما من مكونات الأخشاب ، كما أنها تلعب دورا حاسماً في دورة الكربون.

الفطريات والكائنات الأخرى المعترف بها كفطريات ، مثل oomycetes وmyxomycetes ، غالبا ما تسبب بعض الأمراض للحيوانات (مثل histoplasmosis) وكذلك النباتات (مثل خشب الدردار الهولندية المرض ورايس الانفجار) .

بعض الفطريات يمكن ان تصيب الانسان أو غيره من الكائنات.غير النباتية ويدرسه علم  دراسة الفطريات المسببة للأمراض ويشار إليه باسم علم الفطريات الطبية.