تؤكد الأبحاث الطبية على أهمية وفوائد الزعتر الطبية فى القضاء على الكثير من الأمراض، وذلك لاحتوائه على بعض المواد شديدة الفاعلية والتى من شأنها علاج بعض الأمراض، حيث يحتوى على مواد لها خاصية مسكنة للألم ومطهرة ومنشطة للدورة الدموية.فاحتوائه على مادة الثيمول يزيد الشهية لتناول الطعام، والتى تعمل أيضاً على قتل الميكروبات

وتطرد الطفيليات من المعدة، إضافة إلى مادة الكارفكرول وهى مسكنة ومطهرة للمعدة ومضادة للنزيف.هذا إلى جانب احتوائه على مواد مقوية للعضلات تمنع تصلب الشرايين وطاردة للاملاح، ومواد مضادة للأكسدة.كما أن تناوله يساعد على تقوية الجهاز المناعى لدى الإنسان، وبالتالى الوقاية من مرض الإيدز، وأيضاً يساعد فى علاج أمراض الجهاز التنفسى مثل الربو والسعال الديكى والالتهابات الشعبية، ويستخدم كمضاد للسموم داخل الجسم.والجدير بالذكر أن الزعتر يحتوى على مادة فاعلة تسمى التيمول والتى تعد من أهم المواد التى تدخل فى تركيبة أدوية السعال.ويستخدم أيضاً لتسكين آلام الأسنان والتهابات اللثة، وهذا ما يجعله أحد مكونات معاجين الأسنان.بالإضافة إلى كونه مطهراً ممتازاً للجروح ومنقى للأمعاء، وطارد للديدان ومبيد لجراثيم القولون.وأخيراً يعتبر الزعتر منشطاً ممتازاً لفروة الرأس، فهو يمنع تساقط الشعر ويجعله أكثر كثافة وينشطه