4 ـ الهيكل التنظيمي للجامعة:

تتكون الجامعة من عدة أجهزة هى:
أ ـ مجلس الجامعة:
يتكون من مندوبين عن جميع الدول المشتركة في الجامعة، ويجوز ان يتعدد مندوبو الدولة الواحدة، لكن لا يكون لهم في هذه الحالة إلا صوت واحد. ويضاف إلى ذلك ممثل لفلسطين طبقا للملحق الأول للميثاق. وهو ما توضحه المادة 3/1 التي تقرر يكون للجامعة مجلس يتألف من مختلف الدول المشتركة في الجامعة ويكون لكل منها صوت واحد مهما كثر عدد ممثليها.
ومن الملاحظ ان الميثاق لم ينص على مستوى الممثلين للدول وإن كانت العادة قد جرت على أن يمثل الدول في هذه الاجتماعات وزراء الخارجية ،إلا أنه ليس هناك ما يمنع من أن يقوم بهذا التمثيل من هم دون ذلك من سفراء أو من يتولون مناصب رئاسية مثل رؤساء الحكومات. وينعقد المجلس في دورتين عاديتين في شهرى مارس وأكتوبر من كل عام، على أن يقوم الأمين العام بتحديد اليوم الذي تبدأ فيه الدورة العادية إعمالا لنص المادة رقم 5 من النظام الداخلي للمجلس. ومع ذلك يجوز دعوة المجلس للانعقاد في دورات غير عادية بشرط أن تكون هناك حاجة ملحة إلى ذلك، أو أن يتم بناء على طلب دولتين أو أكثر من دول الجامعة، ويكون انعقاد الاجتماعات بمقر الجامعة بالقاهرة. ويمارس مجلس الجامعة اختصاصات عديدة تشمل جميع الشئون التي نشأت الجامعة من اجلها.
اما من ناحية التصويت فإن القاعدة العامة بالنسبة للتصويت هي أن القرار الذى يصدر عن المجلس لا يكون ملزما إلا للدول التي وافقت عليه. وقد تضمنت هذه القاعدة العامة المادة 7 من الميثاق. والإجماع المقصود في المادة هو إجماع الأعضاء وليس فقط المشتركين في التصويت، ومع ذلك يتعين مراعاة أن الميثاق اكتفى بقاعدة الأغلبية في حالات أخرى مثل تعديل الميثاق وتعيين الأمين العام للجامعة ( يتطلب أغلبية الثلثين) أما القرارات الخاصة بالمسائل الإجرائية مثل تعيين الموظفين فيكتفى بالأغلبية العادية لصحة القرارات.
وبعد 55 عاما من نشأة الجامعة تمت اضافة ملحق الى ميثاقها فى قمة القاهرة غير العادية فى أكتوبر 2000 ينص على انعقاد مجلس الجامعة بشكل سنوى من رؤساء الدول فى مارس من كل عام. ويعد هذا التطور اول تقنين للانعقاد الدورى للقمة العربية التى كانت تعقد خارج إطار الجامعة بناء على دعوة من إحدى الدول.
ب ـ الأمانة العامة:
تعنى بالمسائل الادارية الخاصة بالجامعة ويرأسها موظف دولي هو الأمين العام للجامعة ويعاونه في القيام بالمهام الموكلة اليه مجموعة من الموظفين. والجدير بالذكر ان المادة 12 من الميثاق قد أعطت الأمين العام للجامعة مكانة بارزة.
فهو أكبر موظف دولي بالجامعة ولا يمثل دولة من الدول الأعضاء ولا يتلقى تعليمات من أية دولة، فهو يمثل الجامعة التي يعمل لحسابها ويتصرف بإسمها وهذا ما أكدته المادة 3/2 من لائحة شئون موظفى الجامعة.
ويتم تعيين الأمين العام بقرار يصدره مجلس الجامعة بأغلبية ثلثى أعضاء الجامعة. ويتعين توافر عدة شروط في الأمين العام أهمها أن يكون شخصية عربية بارزة ذات كفاءة وثقافة ومعرفة بشؤون البلاد العربية ومدافع عن قضاياها وأن يكون قد سبق شغله لمناصب عالية بدولته كما يشترط فيه الحياد في القول والفعل.
وللأمين العام عدة اختصاصات أولها الاختصاصات الإدارية فهو يتولى تعيين الموظفين والإشراف عليهم ومحاسبتهم، ويسأل الأمين العام أمام مجلس الجامعة عن كل ما يتعلق بالأمانة العامة سواء كان خاصا بأعمالها أو بموظفيها. كذلك فله اختصاصات مالية تشمل إعداد الميزانية العامة وتقديمها إلى مجلس الجامعة، كما يقوم بتقديم تقرير للمجلس عن السنة المالية الماضية يعرف بإسم الحساب الختامي. أما الاختصاصات السياسية فتتمثل في أن الأمين العام يقوم ببعض الاختصاصات التنظيمية فهو الذي يدعو مجلس الجامعة للانعقاد ويقوم بإعداد جدول الأعمال ويدعو المجلس الاقتصادي للاجتماع.
كذلك هو ممثل الجامعة ومن ثم يتكلم بإسمها سواء أمام الدول الأعضاء أو الدول الأجنبية أو المنظمات الدولية، وهو في هذا يعبر عن رأى الجامعة وسياستها.
وتضم الأمانة العامة عدة إدارات تكاد تغطى الاختصاصات المختلفة وهي إدارة الأمانة العامة أو إدارة السكرتارية والإدارة السياسية وإدارة الشؤون الاقتصادية والمواصلات والإدارة المالية وشؤون المستخدمين وإدارة الشؤون الاجتماعية والصحية والإدارة القانونية وإدارة الاستعلامات والنشر وإدارة الشؤون الثقافية وإدارة شؤون فلسطين، كما توجد عدة مكاتب مثل مكتب مقاطعة إسرائيل ومكتب مكافحة المخدرات ومعهد البحوث والدراسات العربية العليا .
ج ـ اللجان الدائمة:
يهدف عمل اللجان الفنية الدائمة الى تحقيق ترابط المصالح المختلفة للدول العربية بحيث تصبح متجانسة ومتناسقة ومتكاملة، وذلك من خلال وضع قواعد التعاون ومداه ، وصياغتها فى شكل مشروعات اتفاقات تعرض على المجلس للنظر فيها تمهيدا لعرضها على الدول الأعضاء .
وهذه اللجان هى: اللجنة السياسية، واللجنة الثقافية التي بدأت عملها منذ 10 أكتوبر 1945 للتنسيق بين الأمانة العامة والأجهزة الثقافية في الدول العربية، ولجنة المواصلات التي تهتم بكل شؤون المواصلات البحرية والبرية والجوية والأرصاد، واللجنة الاجتماعية التي بدأت منذ 1946 وتعقد دورتين كل عام وتهتم بكل ما يتصل بالشؤون الاجتماعية مثل رعاية الأسرة والطفولة، واللجنة الاقتصادية التي بدأت عام 1945 ولكن نشاطها جمد منذ عام 1953 حيث حل محلها المجلس الاقتصادي، واللجنة القانونية التي نشأت عام 1947 باسم لجنة الجنسية والجوازات، وتهتم بالإضافة إلى ذلك، بمسائل التأشيرات وتنفيذ الأحكام وتسليم المجرمين، واللجنة العسكرية التي نشأت وفقا لمعاهدة الدفاع المشترك والتعاون الاقتصادي عام 1950، واللجنة الصحية، ولجنة الإعلام العربي، ولجنة خبراء البترول العرب، واللجنة العربية لحقوق الإنسان، وأخيرا لجنة الشؤون الإدارية والمالية التي نشأت بقرار مجلس الجامعة في 25 مارس 1971. وتتكون هذه اللجان من ممثلين عن الدول الأعضاء.