هناك عدة أسباب للإعاقة العقلية، منها ما يؤثر على نمو المخ قبل الولادة، أو أثناء الولادة، أو في فترة الطفولة المبكرة. وقد تم اكتشاف المئات من مسببات الإعاقة العقلية، ولكن يبقى السبب غير معروف عند ثلث الأشخاص المصابين بها.

ويمكن تصنيف الأسباب بشكل عام إلى المجموعات التالية:

الحالات الجينية (الوراثية):

وهي تحدث بسبب خلل في الجينات المورثة من الوالدين، أو عند التقاء جيناتهما، أو بسبب اضطرابات أخرى تحدث للجينات خلال مرحلة الحمل بسبب الالتهابات، أو كثرة التعرض للأشعة، وعوامل أخرى. وهناك أكثر من 500 مرض جيني مرتبط بالإعاقة العقلية.

ولا نستطيع القيام بأي شيء مع الطفل المتأخر عقليا لعوامل وراثية تمنع إعاقته لكننا نستطيع أن نعمل الكثير لتعويض التأخر الذي أصابه في النمو وذلك عن طريق برامج وتدريبات خاصة ومتنوعة وعند تقديم المساعدة لأي طفل متأخر عقليا علينا أن نأخذ بعين الاعتبار أن كل طفل حالة خاصة والفروق بين الأطفال تختلف بحيث لا يمكن تطبيق برنامج واحد لكل الأطفال وليس المهم الكميه التي نعطيها للطفل بل الأهم في نوعية وطريقة التعليم.

مثل تعاطي المشروبات الكحولية، أو المخدرات من قبل الأم الحامل. وقد بينت الدراسات الأخيرة مسئولية التدخين عن زيادة مخاطر الإصابة بالإعاقة العقلية. والعوامل الأخرى التي تزيد من مخاطر الإصابة بالإعاقة العقلية تشمل: سوء التغذية، بعض الملوثات البيئية، مرض الأم أثناء الحمل مثل الإصابة بالحصبة الألمانية، وبعض المواد السامة كذلك. وكذلك إصابة الأم بمرض نقص المناعة المكتسب (الايدز).

مشكلات تحدث أثناء الوضع:

على الرغم من أن أية مشكلات غير طبيعية أثناء الحمل يمكن أن تؤثر على مخ الطفل الوليد مثل نقص الأكسجين - الولادة العسرة وما يصاحبها من صدمات - عدم اكتمال مدة الحمل - وانخفاض وزن الطفل عند الولادة، يمكن أن ترتبط بمشكلات لاحقة تؤثر في نمو الطفل، وتعتبر هذه الأسباب الأكثر شيوعا من غيرهما.

مشكلات تحدث بعد الوضع:

حيث إن أمراض الطفولة مثل السعال الديكي، وجدري الماء، والحصبة، والتهاب السحايا وغيرها يمكن أن تلحق ضرراً كبيراً بالمخ، وكذلك أية حوادث أخرى كتعرض رأس الطفل إلى ضربة قوية. كما أن المواد البيئية السامة كالرصاص، والزئبق يمكن أن تلحق ضرراً كبيراً بالجهاز العصبي للطفل.

مشكلات الفقر والحرمان الثقافي:

فأطفال العائلات الفقيرة قد يتعرضون للإعاقة العقلية بسبب سوء التغذية، أو تعرضهم للأمراض بسهولة، أو بسبب نقص العناية الصحية الأساسية، أو بسبب المخاطر البيئية. كما أن الأطفال الذين يعيشون في المناطق المحرومة يُحرمون من الخبرات المعيشية والثقافية اليومية التي يمر بها نظراؤهم في المناطق الأخرى. حيث تظهر بعض البحوث أن تلك الظروف يمكن أن تسبب في أضرار دائمة، ويمكن عدها ضمن مسببات الإعاقة العقلية.

وتصنف الجمعية الأمريكية للضعف العقلي أسباب الإعاقة العقلية إلى تسع مجموعات كما يلي باختصار:

1. الالتهابات والتسمم.

2. اضطرابات صبغية) كروموسومية).

3. أمراض الدماغ.

4. الصدمات والإصابات الجسمية.

5. عوامل غير محددة قبل الولادة واضطرابات الحمل المختلفة.

6. اضطرابات التمثيل الغذائي وسوء التغذية.

7. الإصابات الحسية.

8. الاضطرابات النفسية في الطفولة.

9. عوامل بيئية ثقافية مختلفة.