1- موت البادرات بالمشتل: ويكافح بمعاملة البذور قبل الزراعة بأحد المطهرات الفطرية والرش بعد ظهور البادرات بمادة دياثين م 45 بمعدل 100جم/ 100 لتر ماء ثلاث مرات كل أسبوعين. 2- تصمغ القاعدة أو تصمغ العفن البني: وللوقاية تستخدم أصول مقاومة مثل النارنج وأن ترتفع منطقة التطعيم عن 35سم من سطح التربة وتجنب ملامسة ماء الري لجذوع الأشجار واختيار طريقة الري المناسبة. وتفحص الأشجار سنويا على الأقل لإكشاف الإصابة مبكرا أو سرعة علاجها بكشط الأجزاء المصابة مع جزء من الأنسجة السليمة والتطهير بأحد المواد المطهرة ثم الطلاء بعجينة بوردو أو الزنك أو أحد المطهرات الفطرية الجاهزة طبقا للتوصيات الخاصة بها ويفضل مكافحة التصمغ أثناء الشتاء. 3- تصمغ الأفرع والأغصان: يسبب تساقط الأوراق وظهور إفرازات صمغية بمواقعها ويكافح بتقليم الأفرع والأغصان المصابة والرش بمحلول بوردو أو أحد المركبات الموصى بها. 4- غفن الأرميلاريا: مرض خطير ويسبب في بداية الإصابة إصفرار اأوراق وتساقطها وضعف الأشجار ومع تقدم الإصابة تخرج أجسام ثمرية للفطر على الجذور وتظهر فوق سطح التربة قرب قاعدة الجذع وتشبة تلك الأجسام فطر عيش الغراب. ومن الصعب إنقاذ الأشجار التي تظهر عليها الإصابة ويجب اقتلاعها بجذورها وتظهر مكان الشجرة بأحد المطهرات الفطرية القوية. 5- عفن القلف: مرض فطري ينتقل إلى الموالح من التفاحيات ويعالج بإزالة الأنسجة المصابة والدهان بعجينة بوردو. 6- الإنثراكنوز: مرض فطري يظهر على هيئة بقع على الأوراق تجف وتتحول إلى ثقوب وينتشر في الجو الرطب مع الإصابة بالحشرات الماصة. 7- عفن تبقع الأوراق: ينتشر مع الجو الرطب والإصابة بالحشرات الماصة. 8- الفطر الهبابي: وينمو على الإفرازات العسلية للمن والبق الدقيقي أو الذبابة البيضاء وتغطي الأوراق والثمار ويكافح من خلال مكافحة الحشرات المفرزة للمادة العسلية. 9- الأشنات: وينشأ عن نمو مشترك من فطر وطحلب وتنتشر بالحدائق الرطبة المظللة رديئة التهوية والإضاءة نتيجة تزاحم الأشجار وإهمال الخدمة وتكافح بتحسين عمليات الخدمة والرعاية والتقليم وكذلك ضمن علاج مشترك للحشرات القشرية والأشنات. 10- عفن السرة وأعفان الثمار: وتبدأ الإصابة بها في البستان وتحدث مبكرا في بعض الحالات وتصاحب الإصابة بالحشرات القشرية والبق الدقيقى وغيرها. وتبدأ المكافحة في البستان بمكافحة الآفات الرئيسية التي تصيب الثمار وجمع الثمار بعد الندى مع العناية بسلامة الثمار من الجروح والكدمات مع فرز المصاب والتالف في كل مرحلة من مرحلة القطف والتداول . وتعامل الثمار أثناء إعدادها بأحد المطهرات المناسبة مع التخزين المبرد لحين استهلاكها .