عاد عام 1992 إلى مصر بعد 14 عاماً قضاها في المنفى وقبض عليه فور وصوله مطار القاهرة وأجبر على قضاء مدة الحكم عليه بالسجن دون محاكمة رغم ان القانون المصرى ينص على أن الأحكام القضائية الصادرة غيابياً لابد أن تخضع لمحاكمة أخرى.

وجهت للفريق للشاذلي تهمتان الأولى هي نشر كتاب بدون موافقة مسبقة عليه، واعترف " الشاذلي " بارتكابها. أما التهمة الثانية فهي إفشاء أسرار عسكرية في كتابه ، وأنكر الشاذلي صحة هذه التهمة الأخيرة بشدة ، بدعوى أن تلك الأسرار المزعومة كانت أسرارًا حكومية وليست أسرارًا عسكرية.

وأثناء تواجده بالسجن ، نجح فريق المحامين المدافع عنه فى الحصول على حكم قضائى صادر من أعلى محكمة مدنية وينص على أن الإدانة العسكرية السابقة غير قانونية وأن الحكم العسكرى الصادر ضده يعتبر مخالفاً للدستور. وأمرت المحكمة بالإفراج الفورى عنه . رغم ذلك، لم ينفذ هذا الحكم الأخير وقضى بقية مدة عقوبته فى السجن ، وخرج بعدها ليعيش بعيدًا عن أي ظهور رسمي.

ظهر لأول مرة بعد خروجه من السجن على قناة الجزيرة في برنامج شاهد على العصر في 6 فبراير 1999.

الجدير بالذكر أن الفريق الشاذلى هو الوحيد من قادة حرب أكتوبر الذى لم يتم تكريمه بأى نوع من أنواع التكريم, وتم تجاهله في الاحتفالية التي أقامها مجلس الشعب المصري لقادة حرب أكتوبر و التي سلمهم خلالها الرئيس أنور السادات النياشين والأوسمة كما ذكر هو بنفسه في كتابه مذكرات حرب أكتوبر. على الرغم من الدوره الكبير فى إعداد القوات المسلحة المصرية, وفى تطوير وتنقيح خطط الهجوم والعبور، وإستحداث أساليب جديدة فى القتال وفى إستخدام التشكيلات العسكرية المختلفة، وفى توجيهاته التى تربى عليها قادة وجنود القوات المسلحة المصرية.

مؤلفاته

• حرب أكتوبر
• الخيار العسكري العربي
• الحرب الصليبية الثامنة
• أربع سنوات في السلك الدبلوماسية