شخصية مثل الدكتور زغلول النجار تستحق التكريم نظراً لجهوده العلمية العظيمة فكانت أولي الجوائز التي حصل عليها جائزة مسابقة التوجيهية من وزارة التربية والتعليم عام 1951، وفي عام 1955 حصل على جائزة بركة لعلوم الأرض من جامعة القاهرة، وجائزة روبرتسون للأبحاث فيما بعد الدكتوراه – جامعة ويلز بريطانيا، كما حصل على درجة الزمالة من نفس الجامعة السابقة عام 1963، ثم حصل على جائزة أفضل البحوث المقدمة لمؤتمر البترول العربي ، وجائزة أفضل البحوث المقدمة لمؤتمر الأحافير الدقيقة الطافية بكل من جنيف- سويسرا 1967، روما – إيطاليا 1970، وتم منحه الجائزة التقديرية من جمعية علماء الأحافير المصرية، اختير عضواً في العديد من الجمعيات العلمية وفي هيئة تحرير عدد من دورياتها العلمية.

منح عدد من الأنواط والأوسمة من كافة الجامعات المصرية والعربية وعدد من النقابات العلمية والمهنية سواء داخل مصر أو خارجها.

كما تم منحه العديد من شهادات التقدير من عدد من المؤسسات العربية والأجنبية، ومنح جائزة تقديرية من رئيس الجمهورية السودانية، ووسام العلوم والآداب والفنون الذهبي عن عام 2005.

وتم اختياره شخصية العام الإسلامية لعام 1427هـ من قبل جائزة دبي الدولية للقرآن الكريم، وقد تسلم الجائزة من حاكم دبي سمو الشيخ محمد بن راشد آل مكتوم.

كتب ومؤلفات

له العديد من المؤلفات والأبحاث فله أكثر من مائة وخمسين بحثاً ومقالاً علمياً منشوراً وخمسة وأربعين كتاباً بعدد من اللغات الأجنبية، كما أن له مقال أسبوعي بعنوان " من أسرار القرآن" في جريدة الأهرام القاهرية عن الإعجاز العلمي في القرآن الكريم وتجاوز عدد هذه المقالات المائتين والخمسين مقالاً.

بالإضافة لقيامه بكتابة مقال يومي طيلة شهر رمضان بعنوان " الإعجاز العلمي في السنة"، وتنشر له سلسلة من المقالات في عدد من المجلات العربية مثل " الدعوة"، " الإعجاز"، " الفرقان"، قافلة الزيت"، " المجتمع"، " الرسالة " وغيرها من المجلات الأخرى، كما يوجد له سلسلة من الأشرطة السمعية والبصرية والاسطوانات المدمجة.

من مؤلفاته: "حقائق علمية في القرآن الكريم، الإعجاز العلمي في السنة النبوية، حقيقة المسيح، قضية التخلف العلمي والتقني في العالم الإسلامي، علوم الأرض في الحضارة الإسلامية، رسائل من الماء، الزلازل في القرآن الكريم، الإسلام والغرب، المفهوم العلمي للجبال في القرآن الكريم، وغيرها العديد من الكتب القيمة التي أثرى بها المكتبة العلمية والإسلامية.

كما نذكر من أبحاثه " الإعجاز الغيبي والتاريخي، الإعجاز في الحيوانات، الإعجاز في الحشرات، الإعجاز في الكون، الإعجاز في البحار، وغيرها العديد من الأبحاث الأخرى"