اجريت العديد من الدراسات لدراسة صفات الجودة و القيمة الغذائية للثمار المنتجة تحت ظروف الزراعة العضوية مقارنة بالزراعات التقليدية و قد اوضحت زيادة في بعض المواد الغذائية لمنتجات الزراعة العضوية. ففي دراسات اجريت على التفاح وجد أن الثمار المنتجة عضويا كانت مواصفات الطعم بها افضل من الثمار المنتجة في الزراعة التقليدية كما وجد أن محتوى الفلافونات في الثمار المنتجة عضويا كان اعلى  كما كانت الثمار اكثر صلابة (مما يزيد من قابليتها للتخزين و التداول).

<!--و اظهرت دراسة اخرى ان الطماطم و الجزر المنتج عضويا كانت مواصفات الطعم و النكهة افضل من المنتج بالطريقة التقليدية.

<!--كما ذكرت بعض الدراسات أن منتجات الزراعية العضوية كانت قدرتها على التخزين اعلى من المنتجات التقليدية و يرجع ذلك لإرتفاع جودة المحاصيل المنتجة عضويا حيث وجد أن نسبة الفقد اثناء التخزين نتيجة اصابة الفطريات في الجزر المنتج عضويا كان اقل من الجزر المنتج بالزراعة التقليدية كما ان البطاطس المنتجة عضويا كانت اكثر احتفاظا بجودتها اثناء التخزين.

<!--و في دراسات اجريت على العديد من محاصيل الخضر مثل الطماطم و الكرنب و الخس و السبانخ و الجزر في ظروف الزراعة العضوية و مقارنتها بالزراعة التقليدية اظهرت زيادة في محتوى الحديد و المغنسيوم و الفوسفور و فيتامين  C في المحاصيل المنتجة عضويا مقارنة بالمحاصيل التي زرعت بالطرق العادية. كما وجد ان الزراعة العضوية كان لها تأثير ايجابي في خفض محتوى البقايا الكيميائية في الثمار و تقليل في محتوى النترات. الا انه مازال هناك حاجة الى اجراء دراسات اخرى لتوضيح كيفية استجابة النباتات و تفاعلها مع ظروف التربة المختلفة و التى يمكن بواسطتها تفسير زيادة القيمة الغذائية للمنتجات العضوية مقارنة بطرق الزراعة التقليدية.

العوامل الأخرى الخاصة بجودة المنتج العضوي وعلاقتها بتحسين البيئة:

من الأمور الهامة في جودة المنتج بخلاف المحتوى الكيميائي و المظهر و مواصفات الطعم هو تأثير عمليات الإنتاج على البيئة ككل و على تقليل التلوث و كفاءة استخدام الطاقة و غيرها. و في هذا المعنى فإن الزراعة العضوية لها دور كبير في تحسين البيئة و تحسين جودة المياه و تقليل التلوث البيئي.

<!--و للزراعة العضوية دور ايجابي في تشجيع التنوع الوراثي و يشمل ذلك الكائنات التي تعيش في التربة و النباتات و الحيوانات البرية و المحاصيل المزروعة حيث يستخدم في الزراعة العضوية افضل الأصناف النباتية للحصول على اعلى جودة.

<!-- و تعتبر البذور و النباتات الناتجة من التعديل الوراثي باستخدام الهندسة الوراثية غير مرغوبة في نظم الزراعة العضوية على مستوى العالم حيث يرتبط ذلك بالتأثيرات السلبية المحتملة لهذه النباتات المعدلة وراثيا على البيئة و صحة الإنسان و الحيوان على الرغم من عدم توفر ادلة علمية كافية عن هذه التأثيرات.

<!--و تضمن معايير الزراعة العضوية عدم استخدام النباتات المعدلة وراثيا و يقتصر استخدامها على نظم الزراعة غير العضوية و في هذه الحالة يجب توضيح ذلك للمستهلكين.

<!--و توجد العديد من الطرق التي يتم بها التمييز بين المنتج العضوي و غير العضوي و تستخدم في ذلك اساليب علمية و من هذه الطرق : التحليل المورفولوجي (شكل المنتج) –  - تقييم المواصفات الخاصة بالطعم و اللون – التحليل الكيميائي – بالإضافة الى تحليلات اخرى خاصة بالتحليل الكروماتوجرافي و القدرة على الإنبات و القدرة على التخزين.