يرجع اصل تسميتها إلى إعلان الرئيس المصري الراحل جمال عبد الناصر عام 1958م عن البدء في إنشاء واد مواز لوادي النيل يخترق الصحراء الغربية لتعميرها وزراعتها علي مياه العيون والآبار، وكانت تسمي قبل ذلك محافظة الصحراء الجنوبية.
و في العام 3 أكتوبر 1959 وصلت أول قافلة لتعمير والاستصلاح بالوادي الجديد وتم اعتبار ذلك اليوم عيدا قوميا تحتفل به المحافظة كل عام. وفي العام 1961 أنشئت محافظة الوادي الجديد ضمن التقسيم الإداري لمحافظة الجمهورية وكانت تتكون من مركزيين إداريين هما مركز الخارجة ومركز الداخلة، وفي 1992 تحولت الفرافرة إلى مركز إداري ليصبح للمحافظة ثلاث مراكز إدارية اما الآن فقد تحول مركز باريس ومركز بلاط إلى مركزين إداري أيضا وبالتالي أصبح للمحافظة خمسة مراكز إدارية. وتعتبر محافظة الوادي الجديد من أهم عوامل مستقبل مصر السكني