من المشاكل التي تواجه العاملين في مجال أمراض النبات و بالتحديد الذين يعملون في أمراض الفطريات مقدار الاختلافات الفردية التي تحدث في بعض الفطريات مما ينشأ عنه تغير مستمر في الصفات المورفولوجية أو الفسيولوجية أو القدرة المرضية لهذه الفطريات مما يجعل هناك صعوبة في الحصول على نتائج متناظرة تماما.

و تنحصر أنواع هذه التغيرات في النقاط التالية :-

1. التنوع أو التغير الذاتي

في المزارع الجديدة و التي تنمى على نفس البيئة وتحت نفس الظروف ومأخوذة من سلالة نقية من فطر ما ، غالبا ما تظهر اختلاف بسيط في معدل النمو واللون وكثافة الجراثيم المتكونة وقد تتغير الصفات داخل المستعمرة الواحدة.

 فمثلاً قد تختلف كونديات فطرFusarium   في درجة تقسيمها داخل مستعمرة واحدة ، وفى تلك الحالات لابد من أخذ قراءات عديدة لغرض الحصول على نتائج يعتمد عليها حتى يمكن تغطية جملة هذه الإختلافات الطبيعية داخل المجموعة

 وعن طريق التحليل الإحصائي يمكن تقدير قيمة هذه الاختلافات ولكن ربما تظهر العزلات  اختلافات واضحة بحيث يستوجب تقسيمها إلى أصناف معينة أو على الأقل إلى سلالات معينة .

2.التغيرات العكسية الناتجة عن تأثير ظروف البيئة :-

هناك نوع أخر من التغيرات التي قد تحدث لصفات الفطر المورفولوجية أو الفسيولوجية تحت تأثير ظروف البيئية المختلفة . فالمزارع النامية على بيئات مغذية وناشئة أصلا عن عزلة واحدة قد تعطى مستعمرات مختلفة تماما إذا زرعت ونميت تحت ظروف بيئية مختلفة وفى حالة أخذ لقاحات من هذه المستعمرات أو المزارع المختلفة في النمو والصفات وأعديت تنميتها تحت ظروف بيئية موحدة فإن المستعمرات الجديدة تعود و تتشابه مع بعضها في الغالب. و ربما تمر قترة من الوقت يجرى خلالها تكرار إعادة و تكرار تلقيح نفس الفطر لمرات متعددة وذلك قبل أن يعود الفطر إلى حالته أو ليتشابه مرة أخري مع الأصل.

من أكبر الأمثلة الصبغات التي تميز فطرFusarium يمكن ان تتغير لمجرد تغير الـ  pH الخاص بالبيئة النامي عليها

3. التغيرات المستديمة أو الغير عكسية

ينتج عن هذا النوع من التغيرات تغير في الصفات المورفولوجية وكذلك الفسيولوجية للفطر ويكون هذا التغير غير عكسي بمعني عدم قدرة الفطر علي الرجوع إلي حالته الأصلية وفي كثير من الأحيان ينشأ عن هذا التغير سلالات جديدة للفطر تختلف عن الأصل إما في الصفات المورفولوجية أو الفسيولوجية أو القدرة الإمراضية.

وهناك العديد من الشواهد التي  تدل على حدوث هذا التغير في طبيعة. وينشا هذا التغير نتيجة بعض العوامل نوضح فيما يلي أهمها:

·        التهجــــــــــــــــــــــــــين 

يعتبر من العوامل الهامة و التي تسبب تغيرات غير عكسية في الفطريات مشابها في ذلك ما يحدث في النباتات الراقية .

قد يحدث تهجين بين نوعين من جنس واحد أو أحيانا بين فطريات من أجناس مختلفة والمعروف أن هناك كثير من الفطريات متباينة الميسليوم Heterothallic  ووجود سلالتين على الأقل يكون ضروري للتزاوج وتكوين تركيبات جنسية كاملة. هذه الفطريات تعتبر وسيلة مناسبة لدراسة السلوك الوراثي الذي يحكمه الجينات في المزارع والتهجين بين سلالات من الخمائر يؤدى إلى جمع بين صفات مرغوبة ذات قيمة في صناعة التخمر، ودلت الأبحاث على أن كثير من الصفات في الفطريات تورث على حسب قوانين مندل.

 وعادة ما يحدث تهجين في الطبيعة وأكثر الأمثلة الدالة على ذلك ما يحدث للفطر Puccinia graminis tirtici المسبب للصدأ الأسود في القمح و لهذا الفطر سلالات فسيولوجية عديدة متباينة الميسليوم و حدوث تهجين لها خلال دورة حياتها على نبات بربرى قد ينتج سلالات جديدة لها القدرة على التطفل على نباتا ت مقاومة أصلا للابوين وعلى هذا فالتهجين بين سلالات من الفطريات متطفلة يسبب مشاكل للعاملين في مجال أمراض النبات و خاصة للراغبين في الحصول على أصناف مقاومة للمحاصيل .

·        الدورة الجنسية الجانبية

وهي أحد أنواع التهجين الذي يحدث بين الفطريات الهيفية التي ليس لها طور حنسي أو تلك النادر تكون الطور الجنسي لها مثل فطر  Rhizoctonia solani وينتج عن هذا التغير سلالات جديدة نتيحة للتباين الوراثي بين السلالة الناتجة والأبوين.

·        الطفـــــــــــــــــرة

قد تنشأ ظاهرة تنوع أو تغير في الفطريات نتيجة ظهور سلالات قسيولوجية جديدة ناتجة عن طفرات أي حدوث تغير مفاجئ للجين وتحدث هذه الظاهرة باستمرار في المزارع الفطرية وفى الطبيعة.