أنشئت وحدة بحوث النباتات الطبية والعقاقير فى أغسطس 1956 وكانت ضمن وحدات الفارماكولوجى ان ذاك والذى كان يندرج تحت قطاع العلوم الطبية وكانت تهدف الى دراسة النباتات الطبية المختلفة فى ج. م.ع بغرض معرفه فوائدها الطبية وخواصها الفارماكولوجية. وكان يراس هذه الوحدة منذ نشأتها المرحوم أ.د. ابراهيم رجب فهمى أستاذ العقاقير بكلية الصيدلة وعمل معه المرحوم أ.د. زكريا فؤاد أحمد والمرحوم أ.د. جمال الدين مهران ود. محمد زين العابدين عوض (وكانوا جميعا من جامعة القاهرة) والمرحوم أ.د. عباس الحميدى (بحاث) والأنسة فاطمة محمد عبد المنعم والسيد أ.د. عبد الفتاح محمد رزق ، أ.د. فايزة محمد حمودة (كمساعدى بحاث) فى ذلك الوقت ومنذ ذلك التاريخ بدىء بتجهيز الوحدة بالمعدات والأجهزة والأثاث والمواد الكيميائية . وبدأ العمل فى الأبحاث اواخر ديسمبر عام 1956 بالرغم من عدم استكمال الأجهزة والمعدات .
وكان المرحوم أ.د. ابراهيم رجب فهمى استاذا للعقاقير بكلية الصيدلية جامعة القاهرة وعميدا لنفس الكلية وله بحوث كثيرة فى مجال العقاقير من مصادرها الطبيعية وكان استاذا لجيل كبير من علماء العقاقير وهو الذى وضع حجر الأساس لبناء مجموعة العقاقير فى المركز القومى للبحوث
أما المرحوم أ.د. زكريا فؤاد احمد فقد كان قد حصل على درجة الدكتوراه فى العقاقير من جامعة بوردو بالولايات المتحدة الأمريكية وكان مدرسا بجامعة القاهرة ثم استاذا مساعدا بجامعة اسيوط وخلال ذلك كان منتدبا بالمركز القومى للبحوث وعين بعد ذلك استاذا بالمركز القومى للبحوث . وهو الذى اتم المسيرة بعد وفاة المرحوم أ.د. ابراهيم رجب فهمى وكانت له جهود ملحوظة فى تأسيس تلك الوحدة حيث تتلمذ على يدية كل من أ.د. عبد الفتاح محمد رزق وأ.د. فايزة محمد حمودة حيث تتلمذ على يديهما أ.د. شمس الدين امبابى اسماعيل ، أ.د. مدحت سيف النصر ، أ.د. محفوظ عبد الجواد ، أ.د. مصطفى المسيرى ، أ.د. ناهد محمدمنير على حسن .
وقد تركزت الدراسات فى هذه الوحدة على النباتات الصحراوية البرية التى لها استخدامات فى العلاج الشعبى حسب ما نصت عليه المراجع ومن اقوال البدو بالصحراء والعشابين والعطارين بالمدن ، وكانت موضوعات التسجيلات للدرجات العلمية تركز على هذه النباتات مثل نبات العادر(الشيح) وبطن الحية وحلفابر وابو قرن والصبار والسكران والداتورة والبلانتاجو وبصل العنصل. كما تناولت الدراسات مسح الأدوية المستوردة من الخارج سواء كانت دستورية أو مستحضرات جاهزة لمعرفة قيمة ودرجة نقاوة ما يستورد منها لمعرفة صلاحيتها للاستعمال الطبى والعمل على تصنيع ما يمكن تحضيره فى مصر اقتصاديا وطرق تصنيع واستخلاص المواد الفعالة من النباتات الطبية محليا بدلا من تصدير الخام.
تم اعادة تشكيل الهيكل التنظيمى للمركز عام 1964 حيث تم انشاء عدد من الوحدات لها تخصصات مختلفة ومنها وحدة العلوم الصيدلية والتى اشتملت على 4 تخصصات منها وحدة كيمياء النباتات الطبية والعقاقير .
وقد ساهم فى تأسيس وحدة العقاقير والنباتات الطبية المرحوم أ.د. ابراهيم فهمى رجب ،المرحوم أ.د. زكريا فؤاد احمد ،المرحوم أ.د. جمال الدين مهران ، أ.د. محمد زين العابدين عوض ، أ.د. عبد الفتاح محمد رزق، أ.د. جميلة محمود واصل ، أ.د. فايزة محمد حمودة ، أ.د. محفوظ عبد الجواد ، أ.د. شمس الدين امبابى اسماعيل أ.د. مدحت محروس سيف النصر ، أ.د. باسم محمد شفيع المنشاوى (أوئل الستينات) أ.د. نجوى محمد عيسى ، أ.د. مصطفى محمد احمد المسيرى، أ.د. ناهد محمد منير على حسن ، أ.د. عطاء عبد الحليم سعيد (أوائل السبيعنات).
وعند تكوين شعب المركز القومى للبحوث عام 1968 تم ادماج وحدات البحوث الصيدلية الأربع فى معمل العلوم الصيدلية بشعبة البحوث الطبية والصيدلية وعند اعادة تشكيل الهيكل التنظيمى للمركز عام 1974 ، تكونت 14 شعبة بحثية متخصصة منها شعبة بحوث الصناعات الصيدلية (الدوائية) وكان يتبعها معمل العلوم الصيدلية وتتبعه مزرعة النباتات الطبية ثم قسم العلوم الصيدلية اعتبارا من عام 1988 وكانت تتبعها وحدة العقاقير والنباتات الطبية .
وفى عام 1998 أنشىء قسم العقاقير وكيمياء النباتات الطبية وفى عام 2004 تم انشاء قسم كيمياء النباتات الطبية كقسم مستقل ضمن شعبة بحوث الصناعات الصيدلية ( الدوائية) .
وفي عام 2018 تم تغيير اسم قسم العقاقير و كيمياء النباتات الطبية الى قسم كيمياء النباتات الطبيه.
