تتكون مجاري المدن من مجموع المياه المستخدمة في المنازل ؛ مياه المطابخ ؛الحمامات ؛ يضاف إليها مياه الأمطار والمياه المستخدمة في غسيل الطرقات والمياه المستخدمة في بعض الورش والمصانع الصغيرة التي تقع داخل المدينة ؛وفي حالة وجود شبكة مجاري المدينة فإن هذه المخلفات تلقى في هذه الشبكة وتزداد المشكلة حدة مع اتساع المدينة واتصال ضواحيها مع ضواحي المدن الأخرى ليتكون من الكل مجتمع عمراني ضخم .
كما قد ترمى هذه المخلفات في مياه الأنهار التي تصب الى البحر وقد يتسرب معها بعضاً من المعادن الثقيلة بطريقة ما او بأخرى .
وتزداد المشكلة خطورة مع عدم وجود معالجة او حتى معالجة جزئية ؛فعندما تصب مياه المجاري في المسطحات المائية بدون معالجة ؛تترسب المواد الصلبة في القاع وتتحلل المواد العضوية مما يؤدي إلى :

1. ارتفاع درجة تركيز كلاً من عنصري النتروجين والفوسفور الأمر الذي يؤدي إلى تكاثر أنواع محددة من النباتات والطحالب البحرية التي تخل بالتوازن البيئي للكائنات الحية وبالتالي انخفاض نسبة الأكسجين الذائب في المياه
2.  تغير نسب العديد من العناصر والغازات الذائبة فيها الأمر الذي يؤدي الى تكاثر أنواع ضارة من الطحالب والمركبات العالية السمية والتي تقضي على العديد من الكائنات البحرية وخصوصا الأسماك
3. انتشار الروائح الكريهة الناتجة عن بعض الغازات، كغاز الميثان، أو الكبريت
4. تلوث مياه الشواطئ وتشوه منظر المياه وبالتالي تفقد السواحل قيمتها السياحية والصحية
5. توجد في البحار مجموعات من الكائنات المجهرية، النباتية والحيوانية التي تفرز مواد كيميائية مضادة للبكتيريا التي تلوث البحار عن طريق المجاري ، فتقضي عليها، إلا أن المواد السامة والبترول التي تصل الى البحار تعيق من افراز هذه المواد واذا ما ازدادت في الوسط البحري فإنها تؤدي الى موت هذه الكائنات المجهرية وبالتالي فقدان البحر على التنقية الذاتية مما يسهم في تكاثر الفيروسات والبكتريا المسببة للعديد من الأمراض وفي مقدمتها امراض الحساسية والجهاز التنفسي والفشل الكلوي.

ولا تمثل الميكروبات شكلا من إشكال التلوث التي تصيب الإنسان عن طريق البحر بشكل مباشر عن طريق الاستحمام إلا في حالات قليله وذلك عندما تكون المياه البحرية الضحلة ملوثة بمياه الصرف الصحي خصوصا مع ارتفاع نسبة الملوثات العضوية ؛ ولكنها تصيبه بشكل غير مباشر عن طريق تناوله للمحاريات البحرية التي تمتص هذه الميكروبات وتحتفظ بها لتصيبه فور أكله لها وهذا ما حدث في ايطاليا عام 1973م عندما انتشر وباء الكوليرا على سواحلها الجنوبية نتيجة لتناول السكان رخويات ومحاريات بحرية ملوثة .
إن تكرار حوادث موت الأسماك الصغيرة في المياه الساحلية للمنطقة الملوثة وهجرة الأحياء البحرية الأخرى بعيدا عن هذه المياه بسبب المخلفات وخصوصا الأمونيا ، يؤدي الى تراكم تلك الملوثات وفناء للإحياء الحية ، مما ينجم عنه انبعاث للروائح الكريهة ونشاط لبعض أنواع البكتيريا الضارة.