عادة يهمل الزارع تقليم أشجار الجوافة سنة بعد أخرى مما يؤدى إلى زيادة الأفرع الجافة ويعرضها للإصابة بالحشرات والأمراض مما يؤثر على نمو الأشجار ويسبب تدهورها وبالتالى يقل محصول الأشجار سنة بعد أخرى لذا فالتقليم من العمليات الزراعية الهامة للمحافظة على الأشجار من التدهور.

وكما سبق ذكره تقلم الأشجار الصغيرة بحيث تزال النموات الموجودة على الساق حتى إرتفاع 60 سم من سطح الأرض مع إزالة السرطانات والافرخ المائية من قلب الشجرة أما بخصوص الاشجار المثمرة يتم التقليم بتطويش الأفرع الرئيسية التى تنمو لأعلى كما فى حالة الأشجار القائمة النمو مثل الأشجار اللابذرية (البناتى) للحد من إرتفاع الأشجار لأعلى كما يتم فتح قلب الشجرة وإزالة الأفرع الجافة والمتزاحمة والمتشابكة والمصابة كما هو الحال فى حالة الأشجار المتهدلة أو المفترشة النمو كما فى حالة السلالات المنتخبة مثل الصبحية والقناطر وفاقوس وذلك لكى يتخللها الضوء والهواء وكذلك تسهيل عمليات جمع الثمار ومقاومة الآفات والأمراض إضافة على ذلك تكوين خشب حمل جديد مما يزيد من المسطح الخضرى والثمرى للأشجار.

وقد دلت التجارب على أن درجات التقليم تؤثر على المحصول كما ونوعا حيث إن التقليم الخفيف تطويش أفرع عمر سنة أدى إلى زيادة المحصول بالنسبة لعدد الثمار على الشجرة ولكنه قلل من حجم الثمار وجودتها بينما أدى التقليم الجائر إلى زيادة حجم الثمار ولكنه قلل عدد الثمارعلى الشجرة بينما التقليم المتوسط هو أنسب درجات التقليم حيث أعطى محصولا مناسبا من حيث الكمية والجودة.