التسمية أوّل اسم ثابت لمدينة القدس هو "أورسالم" الذي يظهر في رسائل تل العمارنة المصرية، ويعني أسسها سالم؛القائد العربي الكنعاني الذي أمر ببنائها، وقيل مدينة السلام وقد ظهرت هذه التسمية مرتين في الوثائق المصرية القديمة: حوالي سنة 2000 ق.م و 1330 ق.م،ثم ما لبثت تلك المدينة، وفقًا لسفر الملوك الثاني، أن أخذت اسم "يبوس" نسبة إلى اليبوسيون،المتفرعين من الكنعانيين، وقد بنوا قلعتها والتي تعني بالكنعانية مرتفع. تذكر مصادر تاريخية عن الملك اليبوسي "ملكي صادق" أنه هو أول من بنى يبوس أو القدس، وكان محبًا للسلام، حتى أُطلق عليه "ملك السلام" ومن هنا جاء اسم المدينة وقد قيل أنه هو من سماها بأورسالم أي "مدينة سالم".
ظهر الاسم "أورشليم" أوّل ما ظهر في الكتاب المقدس، وفي سفر يشوع تحديدًا، ويقول الخبراء اللغويون أنه عبارة عن نحت، أي دمج، لكلمتيّ أور، التي تعني "موقع مخصص لعبادة الله وخدمته" والجذر اللغوي س ل م، الذي يعني على ما يُعتقد "سلام"، أو يشير إلى إله كنعاني قديم اسمه "شاليم"، وهو إله الغسق.
أطلق العبرانيون على أقدم الأقسام المأهولة من المدينة اسميّ "مدينة داود" و"صهيون"، وقد أصبحت هذه الأسماء ألقاب ونعوت للمدينة ككل فيما بعد بحسب التقليد اليهودي. حُرّف اسم القدس من قبل الإغريق خلال العصر الهيليني، فأصبح يُلفظ "هيروسليما" (باليونانية: Ἱεροσόλυμα)، وعند سيطرة الإمبراطورية الرومانية على حوض البحر المتوسط، أطلق الرومان على المدينة تسمية "مستعمرة إيليا الكاپيتولينيّة" (باللاتينية: Colonia Aelia Capitolina) سنة 131 للميلاد. في بعض الرسائل الإسلامية باللغة العربية من القرون الوسطى، وخصوصًا في العهدة العمرية، تذكر المدينة باسم "إلياء" أو "إيليا" وهو على ما يبدو اختصار لاسمها اللاتيني. ذُكرت المدينة في فترة لاحقة من القرون الوسطى باسم "بيت المقدس" الذي ما يزال يُستخدم في بعض اللغات مثل اللغة الأوردوية، وهو مصدر لقب "مقدسي" الذي يطلق على سكان المدينة.
أما اسم القدس الشائع اليوم في العربية وخاصة لدى المسلمين فقد يكون اختصارًا لاسم "بيت المقدس" أو لعبارة "مدينة القدس" وكثيرا ما يُقال "القدس الشريف" لتأكيد قدسية المدينة. أما السلطات الإسرائيلية فتشير في إعلاناتها إلى المدينة باسم "أورشليم القدس".