نسمع أحياناً عن تفشي أمراض فيروسية منقولة بالماء في بعض القرى أو الأحياء مثل التهاب الكبد أ ونظراً لأن الفيروسات كائنات دقيقة ممرضة إجبارياً وليست من الفلورا الطبيعية قاد ذلك إلى فهم أن هذه الفيروسات لا تطرح إلا من المرضى وعليه فإن تلوث المياه بالفيروسات سببه وصول مخلفات المرضي المحملة بالفيروسات إلى المصادر المائية لذا تعزى هذه الظواهر دائما إلى تلوث الشبكات أو الآبار الجو فية بمياه الصرف الصحي بشكل مباشر أو غير مباشر
وعموماً فإن المياه يمكن أن تتلوث بأكثر من 140 نوعاً مصلياً من الفيروسات عن طريق ميـاه الصرف الصحي مثل فيـروسات الالتهاب الكبـدي الوبائي أ (HAV) والفيروسـات الكأسيه (Caliciviruses) وفيروسات الغدد ((Adenoviruses والفيروسات المعويه (Enteroviruses) وفيروسات روتا Rotaviruses)).
وتستخدم الكلورة بشكل شائع لتطهير المياه حيث يعول على نواتج تفاعل الكلور مع الماء في إحداث نوعين من الضرر للخلايا البكتيرية، أولهما أن يمزق الغشاء الخلوي البكتيري مما يفقده خاصيته شبه المنفذة و يدمر بذلك وظائف الخلية الأخرى، ويؤدي تدمير الأغشية الخلوية إلى فقدانها بروتينات ح ن د(DNA )و ح ن ر ( RNA) مما يقود إلى موت هذه الخلايا.
كما يدمر أيضاً الأحماض النووية البكتيرية والبروتينات، وبالنسبة للفيروسات فإن أسلوب عمل الكلور على الفيروسات يعتمد على نوع الفيروس حيث يدمر الحمض النووي وهي الخطوة الأولى في إيقاف بعض الفيروسات، بينما يعمل الكلور على تدمير الغطاء البروتيني لفيروسات أخرى مثل فيروسات روتا.
والعجيب أن بعض الدراسات قد أثبتت أن الفيروسات الممرضة قد تتواجد في حالة تثبيط في الماء وخصوصاً في الآبار الجوفية ولكن بعد معاملتها بعوامل التطهير كالكلور أو الأوزون يحصل لها إنعكاس وارتداد ومعاودة تنشيط فتكتسب القدرة على تأسيس الإصابة بسبب عوامل التطهير والكلورة!!! وبالتالي فإنه يمكن الافتراض أن إعادة التثبيط الفيروسي أي الشفاء من التثبيط يمكن أن يحدث للفيروسات في حالة تغير الظروف البيئية في أنظمة المياه الطبيعية.