هناك عدة مسببات للإعاقة الذهنية، منها ما يؤثر على نمو المخ قبل الولادة، أو أثناء الولادة، أو في فترة الطفولة المبكرة. وقد تم اكتشاف بضعة مئات من مسببات الإعاقة العقلية، ولكن يبقى السبب غير معروف عند ثلث الأشخاص المصابين بالإعاقة العقلية. والأسباب الثلاثة الرئيسة للإعاقة العقلية هي: متلازمة داون، ومتلازمة اكس الضعيف (الهش)Fragile X وتعاطي الأم للمشروبات الكحولية. ويمكن تصنيف الأسباب بشكل عام إلى المجموعات التالية:-

- الحالات الجينية (الوراثية): وهي تحدث بسبب خلل في الجينات المورثة من الوالدين، أو عند التقاء جيناتهما، أو بسبب اضطرابات أخرى تحدث للجينات خلال مرحلة الحمل بسبب الالتهابات، أو كثرة التعرض للأشعة، وعوامل أخرى. وهناك أكثر من 500 مرض جيني مرتبط بالإعاقة الذهنية، مثل: (PKU (phenylketonuria (وهو اضطراب يصيب إحدى الجينات ويعرف باضطرابـ الأيض الذي يحدث بسبب نقص أو خلل في إحدى الأنزيمات). وهناك متلازمة داون التي تعتبر مثالاً على الاضطرابات المتعلقة بالكروموسومات. وهناك متلازمة اكس الهش التي تحدث بسبب خلل في كروموسوم اكس، وتعتبر هذه المتلازمة السبب الوراثي الأكثر شيوعاً للإعاقة الذهنية.

مشكلات أثناء الحمل: مثل استخدام المواد الكحولية، أو المخدرات من قبل الأم الحامل. وقد بينت الدراسات الأخيرة مسئولية التدخين عن زيادة مخاطر الإصابة بالإعاقة العقلية. والعوامل الأخرى التي تزيد من مخاطر الإصابة بالإعاقة الذهنية تشمل: سوء التغذية، بعض الملوثات البيئية، مرض الأم أثناء العمل مثل الإصابة بالحصبة الألمانية والسفلس، وبعض المواد السامة كذلك. وكذلك إصابة الأم بمرض نقص المناعة المكتسب (الايدز).

مشكلات تحدث أثناء الوضع: على الرغم من أن أية مشكلات غير طبيعية أثناء العمل يمكن أن تؤثر على مخ الطفل الوليد، فإن عدم اكتمال مدة الحمل، وانخفاض وزن الطفل عند الولادة، يمكن أن ترتبط بمشكلات لاحقة تؤثر في نمو الطفل، ويعتبر هذان السببان شائعان أكثر من غيرهما.

مشكلات تحدث بعد الوضع: حيث إن أمراض الطفولة مثل السعال الديكي، وجدري الماء، والحصبة، والتهاب السحايا وغيرها يمكن أن تلحق ضرراً كبيراً بالمخ، وكذلك أية حوادث أخرى كتعرض رأس الطفل إلى ضربة قوية. كما أن المواد البيئية السامة كالرصاص، والزئبق يمكن أن تلحق ضرراً كبيراً بالجهاز العصبي للطفل.

مشكلات الفقر والحرمان الثقافي: فأطفال العائلات الفقيرة قد يتعرضون للإعاقة الذهنية بسبب سوء التغذية، أو تعرضهم للأمراض بسهولة، أو بسبب نقص العناية الصحية الأساسية، أو بسبب المخاطر البيئية. كما أن الأطفال الذين يعيشون في المناطق المحرومة يُحرمون من الخبرات المعيشية والثقافية اليومية التي يمر بها نظراؤهم في المناطق الأخرى. حيث تظهر بعض البحوث أن تلك الظروف يمكن أن تسبب في أضرار دائمة، ويمكن عدها ضمن مسببات الإعاقة الذهنية.