1- ضرورة توفیر كافة مستلزمات النمو قبل الزراعة لضمان الحصول على إنتاج جید.

 ٢ - فى ھذه النظم تتغیر الpH بسرعه كبیرة عن الزراعات التقلیدية وذلك نتیجة امتصاص الجذور للعناصر المختلفة.

٣ – يؤدى أى خلل فى النظام الى عواقب وخیمة لأن كل شئ يتم بصورة آلیة غالبا .

٤ - عدم وجود أى كائنات دقیقة مضادة ومنافسة للكائنات الدقیقة المرضیة مثلما يوجد فىالتربة العادية.

 ٥ - يمكن ان تتلوث المزارع المائیة المغلقة بسھولة بالكائنات المرضیة.(Van Os,1999)

 ٦ - التكلفة المرتفعة نسبیا للانتاج بھذه الطريقة (1979,Johnson) .