إدارة الهيئة :

تتمتع الهيئة بالشخصية المعنوية والاستقلال المالي والإداري وترتبط بوزير المـالية ويتولى إدارة الـهيئة مجلس إدارة يضم عدد من ممثلي الـوزارات والدوائر ذات العلاقة ويرأس المجلس مدير عام الهيئة وبموجب المادة رقم (4) من القانون تم تحديد مهام مجلس 

الإدارة والتي من أهمها ما يأتي :

1- وضع السياسة العامة للهيئة .

2- اقتراح إنشاء مناطق حرة أو إلغاءها .

3- إعداد الخطط والبرامج التطويرية للمناطق الحــرة وتنميتها .

4-  البت في طلبات الاستثمار في المناطق الحرة لإقامة المشاريع الصناعية والتجارية .

5- تحـديد الرسـوم وبدلات الإيجـار والخدمات المقـدمة وغيرها مـن الأعمال الفنية والإدارية وقد تم تخويل البعض من صلاحياته إلى مدير عام الهيئة .