أولاً : تأثير المبيدات علي الأراضي والمياه :
1- تأثير المبيدات علي التربة: 
تصل المبيدات إلي التربة سواء مباشرة عن طريق معاملة التربة أو معاملة النباتات وهي بالتالي تتحرك إلي الكائنات الاخري ثم تنتقل إلي الهواء والماء أو تتحطم وتتلاشي في التربة لمدة طويلة تقدر بالسنوات.كما لا يجب اعقال تراكم المبيدات في التربة نتيجة لتكرار الاستخدام وكذلك مخلفات هذه الكيماويات في الغلاف الحيوي حيث في النهاية يصل جزء منها أيضا إلي التربة عن طريق تساقط الأتربة أو الأمطار المحملة بها.هذا بالإضافة إلي تساقط أوراق النباتات المرشوشة أو عندما تخلط بقايا النباتات وكذا الكائنات الحية من التربة،وثبات المبيد في التربة يتوقف علي صفات المبيد خاصة التطاير والذوبان والتركيز والصورة المستخدمة منه وكذلك نوع ومواصفات التربة وتبادل الكاتيونات والظروف الجوية والكائنات الدقيقة بالتربة،ومثل هذه المبيدات قد تؤثر علي نمو وإنتاجية النباتات المزروعة مثل ( نقص إنبات البذور – ضعف النمو). 
يتغير الطعم بتغيير المحتويات الداخلية،كذلك قد تؤثر علي الكائنات الدقيقة الهامة مثل بكتريا تثبيت الازوت الجوي وغيرها مما قد يؤثر علي دورة المواد العضوية بالتربة،هذا بالتالي يؤثر علي خصوبة التربة وخواصها الطبيعية والكيماوية والحيوية،إن مثل هذه المتبقيات بتركيزات منخفضة في المبيدات قد تؤدي إلي تكوين سلالات مقاومة من الآفات الضارة مثل المفترسات والاكاروسات والخفافيش باستمرار تعريضها لمثل هذه المتبقيات وبالتالي يصعب مكافحتها،وتصل المبيدات الحشائش والمبيدات الفطرية والنيماتودا،إما بالرش أو التعفير أو التدخين أو بنشر الحبيبات أما إذا وصل المبيد إلي التربة بطريقة غير مباشرة فهو تلوث عرضي إما عن طريق تساقط المبيد من علي النباتات أثناء المعاملة به أو عن طريق تقليب مخلفات النباتات الملوثة بالمبيدات في التربة بغرض التسميد أو بزراعة تقاوي معاملة بالمبيدات ضد أفات التربة والبادرات. 
والمبيدات تتعرض إلي التحطيم الكيماوي والميكروبي والامتصاص والادمصاص علي جزيئاتها وكذا التطاير والانتقال خلال التربة مع ماء الري إلي المياه الجوفية مثل الأسمدة الكيماوية مما يسبب التلوث للبيئة وكل هذه العمليات ترتبط بنوع التربة والظروف البيئية. 
2- التأثيرات الجانبية على الكائنات الحية الدقيقة:
تكمن الخطورة أيضاً في وصول المبيدات إلى التربة بسبب الإخلال بالتوازن الموجود بين مكونات الطبيعة،إذ وجدت الدراسات أن المبيدات تؤدي عموماً إلى انخفاض تعداد المجموعات الميكروبية الرئيسة في التربة (الفطريات والبكتريا)،ويؤدي هذا أيضاً إلى انخفاض نشاط الميكروبات وإنتاج غاز ثاني أكسيد الكربون واستهلاك الأكسجين.ومن المعروف أن الكائنات الدقيقة في التربة موجودة بأعداد كبيرة،وتعمل هذه الكائنات على هدم العديد من الكيميائيات مثل البروتينات والسكريات ومخلفات النباتات وغيرها,كي نستخدمها مصدراً للمادة العضوية.
3- تأثير المبيد علي المياه الجوفية:
كما أن الإفراط في استخدام المبيدات بطرق عشوائية له تأثيره على المياه الجوفية السطحية وتعتبر هذه الظاهرة قليلة الحدوث نسبياً حيث يتحكم في ذلك ما يلي:
(1) تسرب المبيدات إلى جوف الأرض يكون بفعل الجاذبية الأرضية وذلك من خلال التصدعات في سطح الأرض.
(2) إضافة المواد التي تذيب المواد الكيميائية الصلبة بكميات كبيرة حيث تعمل تلك العوامل على اختلاط المبيدات بالمياه فتصبح احد مكوناتها والتي يستخدمها الإنسان بعد حفر الآبار في شربه وسقي حيواناته وري مزروعاته ولا يمكن الكشف عن ذلك إلا بواسطة المختبرات