وكانت وزارة الدفاع الأمريكية البنتاجون قد اعترفت بوقوع خمس حالات مؤكدة لتدنيس نسخ من المصحف الشريف في معتقل جوانتانامو‏,‏ حيث تحتجز السلطات العسكرية الأمريكية‏450‏ متشددا إسلاميا من أعضاء شبكة القاعدة‏,‏ وحركة طالبان الأفغانية دون محاكمة‏,‏ أو توجيه اتهامات منذ يناير‏2002

وقد نشر البنتاجون تفاصيل عن خمسة حوادث تم فيها تدنيس المصحف على يد عسكريين أمريكيين خارقين القوانين العسكرية.

وفي حادث آخر، قام حارس بكتابة كلمتين مشينتين بالانجليزية على المصحف.

ولم يتبين إن كان المسؤولون عن هذه الأحداث سيتعرضون لأية تبعات أوإن كان التحقيق انتهى أو سيستمر.

وفي الحادث المتعلق بالبول والذي وقع في مارس الماضي قالت القيادة الجنوبية ان حارسا ترك موقعه وتبول قرب فتحة تهوية وحمل الريح بوله عبر الفتحة والى داخل مجمع زنازين.
وقالت القيادة الجنوبية ان معتقلا ابلغ الحراس ان البول اصابه هو ومصحفه.
وقال البيان انه تم اعطاء المعتقل زيا جديدا ومصحفا وتم توبيخ الحارس وكلف بمهام لا يتصل فيها بالسجناء.

وقالت القيادة الجنوبية ان محققا مدنيا متعاقدا مع الجيش - طرد بعد ذلك-اعتذر في يوليو  2003 لمعتقل لوطئه المصحف بقدمه .

وفي اغسطس  2003 ابتلت مصاحف السجناء عندما القى حراس النوبة الليلية بالونات ماء في مجمع زنازين .
وفي فبراير شباط 2002 ركل حراس مصحف احد السجناء.
وفي الحادث المؤكد الخامس لإساءة التعامل مع القرآن قالت القيادة الجنوبية ان سجينا اشتكى في اغسطس 2003 من كتابة عبارة نابية من كلمتين بالانجليزية علي مصحفه.
وقالت القيادة الجنوبية ان من المحتمل  ان يكون حارس كتب هذه الكلمات .

وقد قامت وزارة الدفاع الأمريكية بالتحقيق في الموضوع بعدما نشرت مجلة نيوزويك مقالا تتحدث فيه عن تدنيس المصحف في جوانتنامو.

وقد أدت المقالات إلى مظاهرات في العالم الإسلامي، خاصة في أفغانستان حيث تحولت إلى أعمال عنف أدت إلى مقتل 15 شخصا على الأقل.

وكان البريجادير جنرال جاي هوود قائد السجن الحربي الأمريكي في جوانتانامو قد اعترف بان الجيش الامريكي اكتشف خمس وقائع لتدنيس مصاحف من جانب أفراد امريكيين في القاعدة العسكرية الامريكية بكوبا لكنه لم يرصد دليلا دامغا علي حدوث واقعة القاء مصحف في مرحاض.
ورفض هوود شرح ماحدث في وقائع تدنيس المصحف الخمس هذه في السجن مكتفيا بالقول انها لا تتضمن القاء المصحف في المرحاض. وقد تضمنت وثيقة لمكتب التحقيقات الفيدرالي في اول اغسطس 2002 ونشرت  ملخصا لاقوال أدلي بها معتقل في جوانتانامو لضابط في مكتب التحقيقات خلال مقابلتين اجراهما معه قال فيها ان جنودا امريكيين ألقوا بمصحف في مرحاض. وصرح هوود بأن المحققين العسكريين الذين استجوبوا الرجل  لم يسألوه مباشرة عما اذا كان قد رأي افرادا امريكيين يلقون بالمصحف في المرحاض. الا ان هوود قال في بيان امام وزارة الدفاع الأمريكية 'البنتاجون' انه لم يتم التوصل الي دليل دامغ عن قيام فرد من قوة العمل المشتركة في خليج جوانتانامو بالقاء مصحف في مرحاض ابدا.. وتم استبعاد 13 زعما لتدنيس المصحف وثبتت خمس مزاعم لوقائع تدنيس محددة لم يذكرها بوضوح

وقد انتقد البيت الأبيض مجلة نيوزويك قائلا إنها سببت ضررا طويل الأمد لسمعة الولايات المتحدة في العالم الإسلامي.