تختلف ألوان الأسماك ما بين الرمادي الفاتح، و الأحمر الزاهر، و البني الذي تشبه خضرة، إلى الألوان القاتمة التي اختصت بها أسماك القاع، و تمتاز الأسماك العظمية عادة بجمال ألوانها وتعددها، بينما تتجانس الألوان في الأسماك الغضروفية .

تكتسب الأسماك ألوانها من أصباغ راسبة أو معلقة في خلايا خاصة ذات أضلاع أو فروع؛ و تحتوي الخلايا المضلعة على الصبغ الأصفر، بينما تحتوي المتفرعة على الصبغ البرتقالي والأحمر والبني والأسود. وهناك خلايا أخرى متفرعة، تتكدس فيها بلورات عاكسة للضوء من مادة تسمى " الجوانين"، وهي من إنتاج المواد الزلالية المهضومة، ويحملها الدم إلى هذه الخلايا التي تكثر على بطن السمكة ويعزي إليها اللون الأبيض والفضي.

وتختلف مقادير الصبغ والبلورات من سمكة لأخرى.. فإذا ما كثرت الخلايا المحتوية على الصبغ، وكانت الألوان زاهية وواضحة؛ وإذا ما كثرت الخلايا البلورية، أصبحت الألوان باهتة؛ وعند انتشار السوائل الملونة داخل الخلايا يكتمل لون السمكة ويزداد وضوحاً، وإذا تراكمت الخلايا المختلفة الأصباغ بعضها فوق بعض ينتج منها ألوان متعددة، كما أن الغوانين يستطيع أيضاً تحليل الضوء إلى ألوان الطيف.

وتستطيع الأسماك في كثير من الاحيان أن تماثل بيئتها، للتتقي عدوها أو تباغت فريستها.. فتأخذ بعضها ألوان الأعشاب البحرية، وتأخذ الأخرى أشكال المرجان وألوانه، كما تتخذ أسماك القاع ألواناً تشبه الألوان السائدة فيه.

ولا يعد انتشار الضوء وتخلله طبقات المياه أكثر من أربعمائة متر، وينتج من هذا أن أسماك السطح تكون زاهية اللون، بينما تتجانس الألوان كلما ازدادا العمق حتى تصبح باهتة في الاعماق السحيقة وكذلك تبهت ألوان الأسماك التي تسكن المغاور والكهوف المائية المظلمة، ولكنها تستعيد ألوانها عندما تتعرض للضوء

هناك عوامل أخرى، إلى جانب الضوء، كثيراً ما تؤثر في ألوان الأسماك. كشفت علاقة بين عين السمكة و الألوان عندما غطي الجزء الأسفل من العين صار لون السمكة زاهياً، و لم تسبب تغطية الجزء العلوي أي تغيير في لون السمكة، مما يدل على أن جزء الشبكية الأسفل يؤثر في لون الحيوان. كما لوحظ أن سمك موسى يستطيع أن يكتسب ألوان القاع بعد أن يطيل النظر إليها و ذلك لأن عين السمكة تنقل صور المرئيات إلى العصب البصري ثم إلى المخ ثم إلى العصب الودّي الذي يتصل بجميع الخلايا الملونة و بذلك تأخذ السمكة لون البيئة التي تعيش فيها مثل السمكة المرجانية.

للحرارة أثرها في ألوان الأسماك، فهي تسبب انتشار السوائل الملونة في داخل الخلايا؛ كما أن حالة السمكة الصحية تؤثر إلى حد كبير على لونها.

كما تتغير ألوان الأسماك بوجه خاص في وقت التزاوج. إذ يبدو الذكر في أبهى حلة وأزهى لون، حتى يستطيع إغراء الانثى واجتذابها، ويرجع هذا إلى التغيير في الألوان إلى نشاط الغدد التناسلية. وللاسماك صفات مشتركة فهي : تتكاثر بوضع البيض في الماء ويغطى أجسامها قشور وتتنفس بواسطة الخياشيم