ولد هذا القسم كمقترح سنة 1998 مقدم من كل من الأستاذ الدكتور ماهر أمين والي عميد الكلية السابق و الأستاذ الكتور جاد مرشد والأستاذ الدكتور ماهر جلال وكيلا الكلية السابقين والأستاذ الدكتور فوزي علي الفقي أستاذ الوراثة وبعد موافقة مجلس الكلية ومجلس الجامعة والمجلس الأعلي للأزهر بجلستة رقم 130 في 26/9/1999م وبعد أن قام الأستاذ الدكتور فوزي علي الفقي بوضع برنامج تعليمي لمرحة البكالوريوس والدراسات العليا.

يقوم علي نظام التعليم والبحث البيني من خلال ربط علوم الحاسوب بالعلوم الزراعية والتعليم من خلال الشبكات واجراء مشروع بحثي يشرف عليه اساتذة القسم وكذلك اساتذة علوم الحاسب والجهات البحثية والشركات من خارج الجامعة.
وبدأت الدراسة به في العام الجامعي 2000ــ2001 ويعتبر قسم التقنية الحيوية بزراعة الأزهر هو الأول من نوعه في جمهورية مصر العربية حتى وقتنا هذا .

وتتعلق دراسة القسم بمجال المعلوماتية الاحيائية والتقنية الحيوية في الكائنات الحية الدقيقة والنباتية والحيوانية وذلك في عدة أنشطة علمية هي :
- الهندسة الو راثية.
- زراعة الأنسجة النباتية .
- زراعة الأنسجةالحيوانية .
- إنتاج الأجسام المضادة أحادية التناسل.
- الاستنساخ.
- هندسة البروتين .
- المعلوماتية الاحيائية.
النظام الدراسي بالقسم
1- هذا القسم أول قسم يكون للطالب فيه تخصص عام وتخصص دقيق بالإضافة إلى مشروع بحثي طوال العام في مرحلة البكالوريوس في مجال تخصصه الدقيق .(تعليم وبحث بيني) .
2- التخصص الدقيق يمكن أن يكون داخل القسم في ثلاث تخصصات هي :
- التقنية الحيوية النباتيةPlant Biotechnology
- التقنية الحيوية الحيوانيةAnimal Biotechnology
- تكنولوجيا المعلومات والبرمجة الحيوية Bioinformatics
ويمكن أن يكون التخصص الدقيق في أي من أقسام الكلية
3- التعليم مبنى على نظام الإرشاد الأكاديمي للطالب حيث يكون لكل مجموعة من الطلاب مرشد أكاديمي من الأساتذة بالقسم يوجهه في مجال التخصص الدقيق .