وحول إجراءات الإعفاء من الضريبة ورفعها حددت اللائحة عدد من الإجراءات تشمل أن يقدم المكلف بأداء الضريبة - عن كل وحدة يطلب إعفاءها من الضريبة - طلباً ، إلى مأمورية الضرائب العقارية المختصة ، متضمنا سبب طلب الإعفاء مؤيدا بالمستندات إن وجدت .

ويراعى عند تطبيق الإعفاء من الضريبة العقارية عدد من الضوابط وهي أنه يشترط لإعفاء الأبنية المملوكة للجمعيات والمنظمات العمالية ما يأتى : أن تكون الجمعيات مسجلة وفقاً للقانون وأن تكون الأبنية مملوكة لهذه الجمعيات أو المنظمات العمالية ومخصصة لمكاتب الإدارة أو لممارسة الأغراض التي أنشئت من أجلها .

أما العقارات المملوكة لتلك الجمعيات أو المنظمات العمالية وتحقق ريعاً ، وكذلك الشقق أو الدكاكين الملحقة بها والمؤجرة للغير فلا تعفى من الضريبة.

أن تكون المؤسسات التعليمية خاضعة لإشراف وزارة التربية والتعليم أو التعليم العالى أو الأزهر الشريف .وأن تكون المستشفيات والمستوصفات والمبرات مرخصا بها من وزارة الصحة .وبالنسبة للعقارات المملوكة للأحزاب السياسية والنقابات المهنية فيشترط استخدامها في الأغراض المخصصة لها .

هذا و تعفى من الضريبة كل وحدة في عقار مبنى مستعملة في أغراض السكن تقل قيمتها الإيجارية السنوية بعد خصم مصاريف الصيانة والبالغ نسبتها 30%، عن ستة آلاف جنيه ، ويخضع ما زاد على ذلك للضريبة .

مع إعفاء العقارات المخصصة لمنفعة الأراضي الزراعية المحيطة بها ويعتد في ذلك بالمعاينة على الطبيعة وما يرد من بيانات في الإقرار المقدم من المكلف بأداء الضريبة وفقا لهذا القانون والمؤيد بشهادة معتمدة من الجمعية الزراعية المختصة، أيضا الدور المخصصة للاستخدام فى مختلف المناسبات الاجتماعية التى لا تهدف إلى تحقيق الربح وذلك بمقتضى شهادة صادرة من مصلحة الضرائب المصرية .

واشترطت اللائحة لإعفاء أبنية مراكز الشباب والرياضة أن تكون مسجلة وأن تكون معدة لمزاولة النشاط الشبابي أو الرياضي . أما العقارات والمحلات الملحقة بمراكز الشباب والمؤجرة للغير فلا تعفى من الضريبة .

وبالنسبة للعقارات المملوكة للجهات الحكومية الأجنبية فيشترط لاعفاءها من أداء الضريبة العقارية ، المعاملة بالمثل لدى الدول المالكة لها .

فإذا لم يكن للضريبة مثيل في أي من الدول الأجنبية جاز لوزير المالية بعد أخذ رأى وزير الخارجية إعفاء العقارات المملوكة لها من الضريبة .

وفى جميع الأحوال إذا زالت عن أي عقار مبنى من العقارات المنصوص عليها فى المادة (18) من القانون أسباب الإعفاء من الضريبة وجب على المكلف بأدائها تقديم إقرار بزوال سبب الإعفاء للمأمورية المختصة الواقع في دائرتها العقار ، وذلك خلال ستين يوماً من تاريخ زوال سبب الإعفاء لإعادة ربط العقار بالضريبة اعتبارا من أول يناير من السنة التالية لتاريخ زوال سبب الإعفاء عنه .

وعلى المأمورية المختصة إمساك سجل قيد الإقرارات المقدمة من المكلفين بأداء الضريبة والخاصة بزوال سبب الإعفاء موضحاً بها تاريخ تقديم الإقرار وما تم بشأنها .