المواد السامة الناتجة عن مخلفات الأسماك هي:

الأمونيا: (NH3 )
    الأمونيا كمادة داخل الحوض يمكن أن تتحول إلي مادة الأمونيا NH4 غير سامة و الصالحة لتغذية النباتات داخل الحوض و ذلك عن طريق الرقم الهيدروجيني للمياه عند الرقم (PH و يكون 7) و في حالة ارتفاع الرقم الهيدروجيني غن ذلك (قلوية المياه ) فإن الأمونيوم يتحول مرة أخري إلي الأمونيا السامة لذا يجب قياس درجة PH  المياه الجديدة قبل إضافتها للحوض مع تنظيف مخلفات الأسماك من قاع الحوض حتى لا ترتفع نسبة الأمونيا في المياه كنتيجة لتحلل المواد العضوية أو نتيجة لتحول الأمونيوم إلي أمونيا.

النيترات:(NO4 )
    النيترات من الأملاح العادية التي تتكون بالحوض نتيجة لترسيب المخلفات العضوية و النيترات لا تسبب أي مشكلة للأسماك إذا وجدت بتركيز أقل من 25 جزء في المليون و لكن إن زادت عن 80 جزء بالمليون فإنها تسبب أمراض شديدة للأسماك و للوقاية من ارتفاع تركيز النيترات بالحوض يراعي الآتي:

1. تغير مياه الحوض كل أسبوع.
2. إجراء عملية السيفون لمياه الحوض لإزالة المخلفات العضوية من القاع و تنظيف الفلتر مرة كل أسبوعين.