1- ضرورة توفیر كافة مستلزمات النمو قبل الزراعة لضمان الحصول على إنتاج جید.
٢ - فى ھذه النظم تتغیر الpH بسرعه كبیرة عن الزراعات التقلیدية وذلك نتیجة امتصاص الجذور للعناصر المختلفة.
٣ – يؤدى أى خلل فى النظام الى عواقب وخیمة لأن كل شئ يتم بصورة آلیة غالبا .
٤ - عدم وجود أى كائنات دقیقة مضادة ومنافسة للكائنات الدقیقة المرضیة مثلما يوجد فى التربة العادية.
٥ - يمكن ان تتلوث المزارع المائیة المغلقة بسھولة بالكائنات المرضیة.(Van Os,1999)
٦ - التكلفة المرتفعة نسبیا للانتاج بھذه الطريقة (1979,Johnson) .
