هي المتاحف التي قد تلحق للأقسام العلمية المعنية بدراسة الآثار في الجامعات والمراكز البحثية وذلك بقصد إتاحة الفرصة لطلاب الآثار للقيام بالتطبيق العلمي لما يدرسونه نظريا وذلك من خلال القطع الآثرية المعروضة بهذه المتاحف .

ولعل أهل المتاحف التعليمية في مجال الآثار، متحفا كلية الآثار جامعة القاهرة خصص أحدهما لعرض بعض المقتنيات من الآثار المصرية القديمة والآثار اليونانية الرومانية وغالبا ما تكون هذه المقتنيات من الآثار المصرية القديمة والآثار اليونانية الرومانية وغالبا ما تكون هذه المقتنيات من نتاج التنقيب الآثري الذي قامت به الكلية في مناطق الآثار التي تقوم بالتنقيب فيها مثل هضبة الجيزة . أبو صير – سقارة وتونة الجبل مركز ملوي محافظة المنيا . وخصص المتحف الثاني بكلية الآثار لعرض التحف الإسلامية والقبطية وهي مجموعة ثرية جاء بعضها نتاج التقنيات الآثرية والبعض الآخر في صورة هدايا من أفراد أو مؤسسات . وهناك متحف الآثار التابع لكلية الآداب جامعة الإسكندرية والذي يضم مقتنيات مصرية قديمة وأخرى يونانية رومانية .

ومتحف جامعة الزقازيق الذي يضم العديد من المقتنيات التي خرجت من التنقيبات الآثرية من بعض مناطق الشرقية وخصوصا منطقة تل بسطة التي قامت جامعة الزقازيق بإجراء حفائر فيها . وهناك متحف جامعة القاهرة الذي يقع في إطار مبني إدارة الجامعة والذي يضم من بين ما يضم بعض القطع الآثرية . هذا وتسعى الجامعات الآخرى التي بها أقسام للدراسات الآثرية لإنشاء متاحف مماثلة .