يتم تفريخ بيض النعام من خلال طريقتين

يقوم كلا من الذكر والأنثى باحتضان البيض لمدة 42 يوماً فى المتوسط39 – 59يوماً باختلاف الأنواع ) وتقوم الأنثى بهذه المهمة فى الغالب نهاراً بينما يقوم الذكر بها ليلاً ، ويحتضن البيض ملامساً لجلد جسم الآباء مباشرة مما يجعل درجة الحرارة فى أعلى البيضة تزيد عنها فى جزءها السفلى ، وعند تبادل الحضانة بين الآباء يتم تقليب البيض وتهويته .

وقد تم تطوير عملية تفريخ بيض النعام بسرعة خلال الأعوام الأخيرة مما يساعد على خفض نسبة النفوق المبكر للأجنة ، وتعد التهوية الغير كافية والرطوبة الغير مناسبة وصوانى وأرفف البيض الغير ملائمة من أكبر مشاكل التفريخ فى الماضى أما الآن فقد تم إنتاج ماكينات تفريخ مخصصة لتفريخ بيض النعام ، ويتم وضع البيض فى المفرخات بحيث تكون الغرفة الهوائية لأعلى ويقلب البيض فى المفرخة تسعون درجة 4 - 6 مرات يومياً ، ودرجة الحرارة المقترحة للتفريخ هى 90 - 98 درجة فهرنهيت ولكن الأفضل استخدام درجة حرارة96 – 98درجة فهرنهيت وهى الأغلب استعمالاً وقرب نهاية التفريخ يتم خفض درجة الحرارة قليلاً حيث يقوم الجنين داخل البيضة بانتاج حرارة نتيجة قيامه بالعمليات الحيوية وخاصة فى المراحل المتأخرة من نموه وتعد الرطوبة من العوامل المؤثرة فى التفريخ ، ويفقد البيض حوالى 13 - 15 % من وزنه كحد أقصى أثناء التفريخ من خلال فقده لمحتوياته من الماء وثانى أكسيد الكربون ، وتؤثر درجة الرطوبة وحركة الهواء ومعدل وجود المسام بالقشرة فى معدل نسبة الفقد فى الوزن ، وتختلف الرطوبة النسبية أثناء التفريخ من مكان لآخر حسب اختلاف المناخ ولكنها فى الغالب تتراوح بين20 – 35 % ، ويتم تحديد الفقد بوزن البيض أسبوعياً وبناء على معدل فقد الوزن فى البيض يتم تعديل الرطوبة النسبية فى المفرخات ، ولذا فإن الإحتفاظ بسجلات دقيقة مهم جداً ، وقد أمكن عمل برامج للكمبيوتر للمساعدة فى إدارة المفرخات ، ويتم فحص البيض ضوئياً أسبوعياً لتحديد البيض اللايح والأجنة الميتة فى أعمار مختلفة ، وينم إستبعاد البيض اللايح والبيض المحتوى على أجنة نافقة بمجرد التعرف عليه حتى لايتسبب تركة فى المفرخة إلى أن يبدأ فى الفساد والتعفن وبالتالى يؤدى إلى تلوث باقى البيض السليم فى المفرخة ، كما يتم فحص البيض ضوئياً قبل نقل البيض من المفرخ إلى المفقس والذى يتم عندما يبدأ الجنين فى نقر البيضة داخلياً ، ويحتاج الجنين إلى 24 - 48 ساعة حتى يتم الفقس ، وتكون درجة حرارة المفقس أقل من 2 - 3 درجات فهرنهيت عن درجة الحرارة فى المفرخ وتزيد درجة الرطوبة النسبية فى المفقس قليلاً عنها فى المفرخ