1- التعقيم بالغليان :

إن هذه الطريقة تستخدم عند الحاجة الملحة وفي حال تعذر توفر طرق أخرى للتعقيم .


2-التعقيم باستخدام غاز الأوزون :

وهذه الطريقه التي تستخدم في مصانع تعبئه المياه الصحيه ، و يستخدم غاز الأوزون لتعقيم مياه الشرب ، وقد أثبت هذا الغاز قدرة فائقة على القضاء على الكثير من الملوثات البيولوجية الموجودة في المياه ، وتجدر هنا الإشارة إلى أنه ينبغي التقييد التام بالنسب المحددة من غاز الأوزون ، حيث تبين أن زيادة تركيز غاز الأوزون في المياه ينجم عنه تكوين تفاعلات كيميائية جانبية مع بعض المركبات الأخرى مما يكون كل من الفورملدهايد والأسيتالدهايد في الماء . 


3- التعقيم بالأشعة فوق البنفسجية والأمواج فوق الصوتية والليزر :

تعتبر هذه الطرق هي الأكثر تقدماً والأحدث والأكثر أمناً ؛ بسبب عدم احتوائها على مواد كيميائية للتعقيم ، وقد أثبتت الأشعة فوق البنفسجية قدرة متميزة على القضاء على معظم الملوثات البيولوجية الموجودة في المياه ، هذا علماً بأنه قد تم تصنيع أجهزة صغيرة للتعقيم بالأشعة فوق البنفسجية يتم تركيبها داخل المنازل لضمان جودة ونظافة مياه الشرب.