عقد مركز طيبة للدراسات التربوية مؤتمره العلمى الثالث عن منظومة التربية الخلقية فى الفترة من 11 – 12 مايو 2002م،                    وكان من أهم ما انتهى إليه المؤتمر التوصية بتأسيس مجلس للتربية الأخلاقية كجمعية لا تهدف إلى الربح.       

و قد عقدت الأمانة المؤقتة عدة اجتماعات وقررت تشكيل شعبة مجلس التربية الأخلاقية بجمعية أكاديمية طيبة المتكاملة للعلوم والخدمات،                       لإدارة هذا المشروع القومى كعمل لا يهدف إلى الربح، وقد شكل له مجلس إدارة ومجلس استشارى وتأكيدًا لأهمية التربية الأخلاقية، وتدعيمها على المستوى القومى والمحلى قرر مجلس الإدارة أن يسمى المشروع باسم (مجلس التربية الأخلاقية). ثم انفصل المجلس عن جمعية أكاديمية طيبة و أصبح جمعية مستقلة ومشهرة برقم 2893 بتاريخ 3-5-2007 ثم نظرا لإنتشاره و تقديم خدماته على مستوى الوطن العربى فقد أخذ الصيغة العربية و تم تعديل الإسم إلى "المجلس العربى للتربية الأخلاقية" بتاريخ 14/10/2008.