لاتنحصر أقسام مستشفى بداية على قسم واحد ولكن مستشفى بداية للخصوبة تقدم خدماتها للرجال والنساء في جميع مجالات الصحة الانجابية والتناسلية.
أقسام مستشفى بداية
قسم النساء
حيث يتم معالجة جميع أمراض النساء
قسم الاخصاب المساعد
وهو قسم متخصص في الحقن المجهري واطفال الانابيب و تحديد النوع
قسم الذكورة
ويشمل أحدث الاجهزة للكشف على الرجل ومعالجته
قسم علاج العقم للرجال
وهو قسم متخصص لعلاج مشاكل الحيوانات المنوية وغيرها من الاسباب التي تسبب العقم
قسم المناظير الطبية
وهو قسم يشمل المنظار البطني والرحمي التشخيصي والعلاجي
قسم الفحوصات الوراثية
وهو قسم متخصص في الفحص الوراثي للاجنة لانجاب طفل سليم
قسم تجميل العضو الذكري
وهو من الاقسام الجديدة داخل مستشفى بداية والذي يهدف لتحسين الصحة النفسية للرجال
قسم متابعة الحمل والولادة
يوجد في قسم متابعة الحمل جميع اجهزة السونار للاطمئنان على صحة المرأة
