لقد جاء الخلط بين التوحد والإعاقة العقلية من حيث أن بعض خصائصها تشبه السلوكيات التي يظهرها بعض الأطفال التوحديين، وفيما يلي عرض لتوضيح الفروق بين التوحد والإعاقات العقلية.

بعض المؤشرات التي تسهل  التمييز بين إعاقة التوحد والإعاقة العقلية :
هناك بعض المؤشرات التي تسهل  التمييز بين إعاقة التوحد والإعاقة العقلية والتي تم تسجيلها من تجارب الملاحظة الموضوعية المقننة للإعاقتين وهي:

1. يتميز الطفل المعاق عقليا بنزعة إلى التقرب والارتباط بوالديه والتواصل معهما ومع الكبار وغيره من الأطفال الأقران، وهي سمة اجتماعية غائبة تماما في حالة طفل التوحد.
2. أن الطفل المعاق عقليا يستطيع أن يبني حصيلة لغوية، وأن يكتسب نموا في اللغة, ولو أنه قد يتأخر في بنائها إلى حد ما، ولكنه يستخدم القليل منها مبكرا في التواصل مع أفراد أسرته وأقرانه، بينما الطفل التوحدي غائبا من حيث نموه اللغوي وهو متوقف أو محدود الغاية.
3. الطفل المعاق عقليا لا يستثيره التغير في عاداته اليومية، في ملبسه ومأكله أو لعبه أو أثاث غرفته ولا يندفع في ثورات الغضب ( مثل طرق رأسه في الحائط ) وإيذاء نفسه، أو الآخرين بعكس ما يحدث للطفل التوحدي.
4. الطفل المعاق عقليا لا يعاني من مشكلة رجع الصدى التي يعاني منها طفل التوحد الذي يعيد نطق آخر كلمة أو كلمتين من أي سؤال أو كلام يوجه إليه.
5. الطفل المعاق عقليا لا يعاني من قصور في استعمال الضمائر بعكس ما يفعله طفل التوحد الذي يخلط مثلا بين " أنا "    و " أنت " فيستعمل كلا من هذه الضمائر مكان الآخر وكذلك بالنسبة إلى غيرها من الضمائر.
6. الطفل المعاق عقليا أسهل مراسا في التعامل معه وتدريبه في تنفيذ برامج التأهيل من طفل التوحد الذي يحتاج إلى جهود فائقة وصبر جميل في التعامل معه.
7. طفل التوحد ليس لديه القدرة على الدافعية للتعلم والتخاطب, ولذا يعاني من توقف في النمو الاجتماعي، والقدرة على التفاعل مع الآخرين أو مشاركة أقرانه في اللعب والأنشطة المشتركة بعكس الطفل المعاق عقليا الذي يشارك أقرانه في أنشطتهم ويستمتع باللعب معهم وممارسة تقليد الآخرين واللعب الإلهامي.
8. طفل التوحد تجنب التواصل البصري بالتقاء العيون بين المتخاطبين وهي سمة نادرا ما تحدث مع المعاق عقليا.
9. في الحالات القليلة التي يمكن فيها تطبيق اختبار الذكاء الفردي نجد أن هناك تفاوتا كبيرا بين مستوى الذكاء اللفظي الذي أكثر انخفاضا ومستوى الذكاء غير اللفظي الذي يكاد يكون متساويا لدى الأطفال المعاقين عقليا.
10. طفل التوحد قد يبدأ فجأة في نوبات ضحك أو بكاء أو صراخ يستمر طويلا بدون سبب ظاهر بينما لا يحدث هذا في حالة الإعاقة العقلية.
11. طفل التوحد قد ينبغ أو يتفوق في مهارة في أحد المجالات كالرياضيات أو الفن أو الموسيقى أو الرسم أو الشعر أو النشاط الرياضي بشكل قد لا يستطيع الطفل العادي بلوغه وهي سمة لا توجد عند الطفل المعاق عقليا إلا نادرا.
12.  التوحد من حيث انتشاره أقل من مراحل التخلف العقلي فنسبة حدوثه 2-3% على الأكثر.
13. التوحد إعاقة يولد بها الطفل وتظهر أعراضها مبكرا في حدود زمنية أقصاها 30 شهرا. أما المعاق عقليا فقد يولد به أو يحدث بعد الولادة نتيجة حادث يؤدي إلى تلف في المخ وإصابته بمرض كالالتهاب السحائي أو الحمى الشوكية أو نتيجة التلوث البيئي مثل الرصاص أو الزئبق
14. طفل التوحد غالبا ما يحتاج إلى الرعاية مدى الحياة تقريبا, أما الطفل المعاق عقليا فإن المتوسط منه والبسيط قد يحقق استقلالا ذاتيا بمساعدة برامج التأهيل ويعتمد على ذاته ويحميها من الأخطار ويعمل في حرفة مناسبة.
15.  طفل التوحد لا يعنيه المظاهر الانفعالية أو العاطفية كما أن لديه قصورا وغياب القدرة على التعبير عنها عكس ما يحدث للطفل المعاق عقليا.
16. يعاني الطفل التوحدي من اضطراب إدراكي أكثر من المتخلف عقليا ويعطى استجابات شاذة لمنبهات بعينها وخاصة في مهام الإدراك البصري والحركي.
17.  تقل العيوب الجسمية لدى الطفل التوحدي مقارنة بالطفل المعاق عقليا.

ومما سبق يتضح لنا أن هناك فروق بين الإعاقة العقلية والتوحد, وكذلك هناك فروق بين من يعاني من إعاقة عقلية وتوحد في آن واحد.