تصيب الثمار عند التخزين بعض الأضرار الفسيولوجية physiological disorders وهي الأضرار التي تظهر على الثمار إما قبل أو بعد التخزين أو قد تزداد بعد التخزين وتكون على شكل تشوهات أو نمو غير طبيعي يظهر على الثمار وأسبابه  غير مرضية أو حشرية non-pathogenic وقد تكون أسبابه الظروف البيئية أو عدم توازن في العناصر الغذائية أو غيرها من الأسباب الفسيولوجية .

تم تشخيص بعض هذه الأضرار في الأبحاث التي أجريت أو الدراسات التي قام بها طلبة الدراسات العليا، وسوف نستعرض أهم هذه الأضرار وطرق التقليل من الإصابة بها.

1- النقر المرة Bitter Pit: يظهر الضرر على ثمار التفاح أثناء نمو الثمار، أو قد تظهر الإصابة أو تشتد بعد التخزين لمدة طويلة، وتظهر الإصابة على قشرة الثمرة على شكل بقع غائرة أكثر اخضرارا من القشرة المحيطة وأخيرا تتطور الإصابة على شكل بقع صغيرة جافة ذات لون بني، والبقع قد تكون قليلة أو كثيرة وتكون أكثر انتشارا في منطقة الكأس من الثمرة (الطرف السائب)، وتختلف الأصناف في شدة الإصابة فبعض الأصناف تكون حساسة للإصابة مثل الصنف Granny Smith أو متوسطة الحساسية مثل الصنف Fuji   أو قليلة الحساسية للإصابة مثل الصنفين  Golden  Delicious و Red Delicious . إن النقص في محتويات الثمرة من بعض العناصر الغذائية مثل الكالسيوم والبورون أو الخلل في توازن العناصر الغذائية يرتبط بدرجة كبيرة مع ظهور الضرر، لذا فان  رش الأشجار بحامض البوريك بتركيز0.3% أو غمر الثمار في محلول كلوريد الكالسيوم بتركيز 4 % كان فعالا في التقليل من الإصابة .

2- اللفحة السطحية Superficial Scald : تظهر الإصابة على ثمار التفاح على شكل اسمرار غير منتظم على قشرة الثمرة خاصة في المناطق القليلة التلون، وترتبط مع موت خلايا تحت البشرة وقد يرافقها تنقر وتجعد للخلايا ، وتشمل الإصابة جزء من الثمرة أو الثمرة بأكملها. وتختلف الإصابة باللفحة السطحية عن لفحة الشمس أنها قد تظهر في أجزاء الثمرة غير المعرضة لأشعة الشمس، وتزداد شدتها بعد التخزين. وقد جرب استخدام  عدة مواد للتقليل من شدة الإصابة وكانت أكثرها فعالية غمر الثمار في محلول dinitro phenol ( DPA ) بالتركيز 1000 أو 2000 ملغم/ لتر أو aminoethoxyvinylglycine ( AVG ) بالتركيز 1000 أو 2000 ملغم . لتر لمدة دقيقة واحدة .

 3- انحلال قلب الثمرة :Core Breakdown لوحظ هذا الضرر في ثمار الكمثرى صنف ليكونت بعد تخزينها لمدة 60 يوما، وتظهر الإصابة في الثمار المخزنة على شكل انحلال في الأنسجة في مركز الثمرة وقد ينتشر الضرر ليشمل الثمرة بأكملها، ويكون لحم الثمرة في البداية لينا وبعد ذلك يتغير لون المنطقة المتضررة إلى اللون الأسمر، ويصبح طعم الثمرة غير مستساغ ورائحتها كريهة. وكانت المعاملة بغمر الثمار في محاليل كلوريد الكالسيوم مؤثرة في التقليل من نسبة الثمار المتضررة .

- انحلال الشيخوخة Senescence Breakdown: يظهر الضرر نتيجة لتخزين الثمار لمدة طويلة في معظم ثمار الفاكهة، ويكون على شكل ليونة في لحم الثمرة وتصبح بعدها لينة ومسمرة، وبتقدم انحلال الشيخوخة تصبح القشرة معتمة، ويرتبط الضرر بصورة عكسية مع مستوى الكالسيوم في مرحلة اكتمال نمو الثمرة. لذا فان المعاملات التي تؤدي إلى زيادة تركيز الكالسيوم في الثمار ومنه الرش أو غمر الثمار في محاليل أملاح الكالسيوم بالتركيز 4 أو 6% من شأنها أن تقلل من الإصابة بالضرر .

  - تشقق الثمارCracking: ظهرت الإصابة عند تخزين الثمار لمدة طويلة في أكياس نايلون غير مثقبة ( modified atmosphere )، حيث ظهرت الإصابة على شكل تشققات عميقة شملت قشرة ولحم الثمرة، وقد لوحظ إن نسبة الإصابة بالضرر قلت كثيرا عند غمر الثمار في محلول برمنكنات البوتاسيوم بالتركيز 1 2% قبل وضعها في أكياس النايلون أو وضع مسحوق برمنكنات البوتاسيوم زنة 10او 20 غم مع الأكياس كانت فعالة في التقليل من نسبة الإصابة بالتشقق.