هناك عدد من النظريات كلاً منها يتناول شجرة التطور بطريقه مختلفة تبعاً للمعايير التقسيمية التي أستخدمها ويمكن استعراضها كالتالي.

1- Phenetic Method

وهذه اعتمدت على الصفات المورفولوجيه ومدى التشابه بين المجاميع المختلفة والعلاقة فيما بينهما ولكنها لم تستطيع أن تحسم النزاع القائم في عملية التطور لوجود تضارب بين التشابه في بعض الصفات والاختلاف في الناحية الوراثية والكيموحيوية .

2- Maximun Parsimong

وهى درست كل مجموعه تطوريه على حدي على أساس النشؤ الوراثي لها وبذلك ابتعدت عن التضارب مع شجرة الجينات وركزت على أهم أوجه التشابه والاختلافات الوصفية داخل كل مجموعه .

3- Maximum likelihood

وهى شبيهه بالسابقة حيث اعتبرت الشجرة الجينية أساس للتقسيم لكنها اختلفت في المعايير الداخلية حيث لم تركن فقط للصفات المورفولوجيه العامة ولكنها ركزت على التغيرات الكيموحيوية وتكوين الأحماض ألأمينيه وكذلك النووية والبروتينات والأنزيمات المختلفة .

التطور داخل المجاميع الفطرية المختلفة :-

1-   نجد أن الفطريات التي وضعت تحت مملكه Protista  تتميز بأنها تأخذ الشكل الأميبي وتختلف فئ طريقه تكون الببلازموديوم وكذلك تطور الميتوكوندريا .

2-   الفطريات التي وضعت تحت مملكه Straminopela  تميزت بقدرتها على تكوين الجراثيم السابحة وتم تقسيمها على أساس المواصفات الخاصة بالفلاجيلات سواء كانت مورفولوجية أو حيوية .

 شجرة التطور في الفطريات

3-  أما الفطريات الحقيقية أحادية المنشأ فوضعت في مملكه مستقلة وقد وضحت شجرة التطور "أنظرالشكل" مدى التشابه بينها وبين الحيوانات وأنها انبثقت من تحتها وتم التفريق على أساس تركيب الجدر الخلوية وطرق حفظ الغذاء والقدرة على تكون أحماض أمينيه وكذلك طرق تمثيل التربتوفان وشكل الميسليوم وطبيعة تقسيميه وكذلك الجراثيم الجنسية المتكونة والأجسام الثمرية الحقيقية وتراكيبها وكذلك القدرة على تحليل أنواع الخشب المختلفة ....ألخ .

التقسيم وعلم الحفريات والنشؤ عبر الأحقاب المختلفة ومدى التطور :-

عن طريق علم الحفريات أمكن توضيح أهم التطورات في الفطريات المختلفة ومدى التسلسل في ظهورها عبر الأحقاب العصرية المختلفة ، وتحديد العمر ببداية ظهورها.

 ويمكن توضيح هذا فيما يلي :-

1-      نجد أن بدايات الفطريات المتواجدة من 900 مليون سنه هي البيضية وهذا يوضح ويؤكد النظرية بأنها متطورة عن الطحالب .

2-      ظهرت بعد ذلك الأسكيه من 438 مليون سنه وهذا يرجح بعض النظريات التي ترجح نشؤ الأسكيه من الطحالب الحمراء .

3-      ظهرت بعد ذلك الفطريات الكتريدية ذات القدرة على تحليل الخشب من 360 مليون سنه .

4-   ثم ظهرت الأنواع المتطفلة على الحشرات وكذلك التي تكون الروابط الكلابيه والأجسام الثمرية المغلقة والجراثيم الزيجيه وذلك بعد 286 مليون سنه .

5-      ظهرت الأصداء من 144 مليون سنه ثم تلتها من 66 مليون سنه البازيديه والفطريات الهلامية .